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关键词： 急性心肌梗死   中性粒细胞   生物标志物   差异分析   WGCNA   机器学习算法   免疫浸润分析   S100A12   PTCH1   LOC400499  

摘要： 背景：精确的早期诊断和及时的再灌注治疗是挽救急性心肌梗死患者的生命并改善预后的重要前提条件。因此，寻找能够早期诊断急性心肌梗死的理想生物标志物尤为重要。目的：拟通过生物信息学和机器学习分析急性心肌梗死与中性粒细胞相关的关键基因，以探寻新的生物标志物。方法：基于GEO数据库和limma包鉴定急性心肌梗死的差异表达基因。使用反卷积算法探究免疫细胞浸润情况，然后结合加权基因共表达网络分析(Weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)、蛋白互作网络和机器学习筛选急性心肌梗死与中性粒细胞相关的特征基因，并进行功能富集分析。用ROC曲线评估特征基因对急性心肌梗死的诊断价值。通过STITCH和Herb数据库筛查生物标志物的靶向药物。最后将在2023年3-6月于贵州医科大学附属医院心内科首次诊断为急性心肌梗死的住院患者作为实验组，同期心电图无缺血性改变、冠状动脉造影无狭窄的住院患者作为对照组，收集两组患者外周血，通过RT-qPCR验证基因在人外周血样本中的相对表达量。结果与结论：(1)共获得差异表达基因2 349个，免疫浸润分析发现B cells memory,NK cells resting和Neutrophils等免疫细胞评分在疾病和正常组之间存在差异；(2)使用WGCNA发现ME green和ME turquoise这两个基因模块与中性粒细胞与急性心肌梗死表现出最高的相关性；(3)与差异表达基因相交后获得24个差异模块基因，功能富集分析发现其与先天免疫反应、细菌的防御反应等多种过程相关；KEGG结果显示其主要与肿瘤坏死因子信号通路有关。(4)机器学习算法挖掘到的基因取交集后得到的特征基因为S100A12,PTCH1和LOC400499，在GSE48060和GSE66360数据集中的ROC曲线下面积均大于0.7，将其视为潜在的生物标志物。(5)基于STITCH和Herb数据库发现S100A12有11种靶向药物，PTCH1共发现6种靶向药物。(6)RT-qPCR结果显示，与对照组相比，急性心肌梗死患者中S100A12,PTCH1和LOC400499表达具有显著差异性(P <0.05)。(7)S100A12,PTCH1和LOC400499可能是急性心肌梗死潜在的诊断生物标志物，但是其与急性心肌梗死相关的特异性尚需进一步研究，其中S100A12可能是调控急性心肌梗死的潜在靶点。

关键词： 地理加权回归   各向异性带宽   空间差异   显著性检验  

摘要： 带宽是地理加权回归模型自变量系数估计的关键，具有空间相关性的局域性自变量通过确定最合适的带宽， 展示各种潜在的空间非均质性.传统的地理加权回归模型包括GWR，SGWR和MGWR，它们的自变量系数均采用了各向同性带宽，本研究放松了这一约束假设，提出了一种各向异性带宽的地理加权回归（AGWR）模型， 并给出了系数估计过程和各向异性带宽判别的条件.以中国苏南-苏北地区房价影响因素拟合为示例，应用AGWR模型与其他各向同性带宽的模型作了对比分析，AGWR模型显示了良好的拟合能力，在蒙特卡罗模拟中， AGWR模型相对于其他各向同性带宽的模型仍然保持了这一优势.AGWR模型的提出为定量化研究各向异性的空间差异问题设定适宜的模型形式提供了支撑依据.

关键词： 主体功能区   空间格局   制度体系   经济地理学   高质量发展   中国式现代化  

摘要： 党的二十届三中全会明确指出“健全主体功能区制度体系”。文章首先从主体功能区突出资源环境承载力的基础作用、强调发挥区域比较优势、遵循可持续发展目标导向等3个科学内涵出发，评价了主体功能区的政策价值和实施成效，揭示了不同主体功能的区域之间存在突出的发展差距问题。其次，基于经济地理学基本理论和方法，讨论了健全主体功能区制度体系的改革指向，主要包括：建设与高质量发展和中国式现代化建设相适配的主体功能区制度，完善主体功能和叠加功能良性互动的协同发展制度，创建以主体功能区为基础蓝图加快构建国土空间新体系、形成综合功能区布局的制度。最后，还就主体功能高质量发展和健全主体功能区制度体系的改革创新重点，进行了深入讨论。研究认为，经济地理学在主体功能区形成与发展中发挥了重要的科技支撑作用，新时代健全主体功能区制度体系也必将成为经济地理学发展的新动力。

关键词： 毛竹   转座子(TE)   不确定编码潜力转录本(TUCP)   非生物胁迫  

摘要： 【目的】转座子(TE)是真核细胞基因组的重要组成部分，其在毛竹Phyllostachys edulis基因组超过63%时，易受胁迫诱导激活。分析非生物胁迫下，来源于转座子的不确定编码潜力转录本(TUCP)的表达模式，为转座子参与毛竹抗逆分子机制提供参考。【方法】采用生物信息学技术和手段，在低温、高温、高盐、紫外照射等4种胁迫处理下，研究毛竹TE-TUCPs及转座子邻近基因的转录特性和转录模式。通过实时荧光定量PCR (RT-qPCR)验证转录组来源的TETUCPs差异表达数据的可靠性。【结果】在毛竹4个胁迫处理转录本中，共鉴定出57 627个TE-TUCPs。TE-TUCPs应对不同非生物胁迫表现出特异性表达模式。高温、高盐、紫外照射处理可以促进具有转录活性的TE-TUCPs附近基因差异表达，但是低温会抑制具有转录活性的TE-TUCPs附近基因差异表达。【结论】TE-TUCPs主要来源于Ty1/Copia和Ty3/Gypsy超家族。基因的表达潜能与近距离的TE-TUCPs表达潜能互相抑制。TE-TUCPs转录情况会受到非生物胁迫作用来调控附近基因的表达以适应胁迫影响。图7表2参44

关键词： 非生物胁迫   根系   生理响应   分子机制  

摘要： 干旱、水淹、盐碱、高温等非生物胁迫是影响植物生长发育的重要环境因素。根系作为逆境胁迫下最先感知的器官，在响应胁迫伤害中发挥着重要的作用。目前，关于植物响应非生物胁迫的研究多集中于叶片等地上组织器官，根系的抗逆研究并不深入。基于此，本文从生理与分子2个角度出发，系统概述了植物根系应对干旱、水淹、盐碱等环境胁迫的响应，主要包括渗透调节、抗氧化系统防御、内源激素等生理变化以及相关抗逆基因的选择性表达，阐明了根系一方面通过信号感知而产生一系列的氧化调节来减轻胁迫引发的生理损伤，另一方面通过促使下游基因的选择性表达来产生相应代谢物质以缓解胁迫应激。为丰富植物根系抗逆资源和选育抗逆品种，今后可以加强对具有观赏价值、生态效益的植物的研究，加大复合胁迫和温度胁迫下植物根系响应的研究，可以利用基因组学、转录组学、代谢组学等方法对环境胁迫下植物根系的分子响应作更深一步的探索。

关键词： 藁本内酯   食管肿瘤   ρA GTP结合蛋白质   rho相关激酶类   细胞增殖   细胞凋亡   肿瘤移植   血管生成拟态  

摘要： 目的 探讨藁本内酯（LIG）对食管癌细胞增殖、凋亡、血管生成拟态及Ras同源基因家族蛋白A(Rho A)/Rho关联含卷曲螺旋结合蛋白激酶（ROCK）信号通路的影响。方法 用浓度为0、12.5、25、50、100、200μmol/L LIG处理食管癌细胞EC-109，检测细胞活性，筛选适宜浓度进行后续实验。将EC-109细胞分为对照组（Control组），LIG低、中、高浓度组（LIG-L、LIG-M、LIG-H组），LIG高浓度+RhoA激活剂Naciclasine组（LIG-H+Naciclasine组）。Edu检测细胞增殖，流式细胞术检测细胞凋亡；观察血管生成拟态；Western blot检测细胞增殖、凋亡相关蛋白及RhoA、ROCK蛋白表达，裸鼠移植瘤实验验证LIG对食管癌肿瘤生长的影响，免疫组化检测移植瘤血管内皮生长因子（VEGF）、RhoA、ROCK表达水平。结果 与Control组相比，LIG-L、LIG-M、LIG-H组EC-109细胞血管拟态管状结构依次减少，Edu阳性率、Cyclin D1、Ki67、Bcl-2、RhoA、ROCK表达依次降低，P21、细胞凋亡率、Bax、Caspase-3表达依次升高（P<0.05）。RhoA激活剂Naciclasine可部分逆转LIG对食管癌细胞增殖、凋亡和血管生成拟态的改善作用。裸鼠移植瘤实验显示，与Control组相比，LIG组裸鼠移植瘤生长减缓，肿瘤体积减小，RhoA、ROCK、VEGF表达水平降低（P<0.05）。结论 LIG通过抑制RhoA/ROCK信号通路抑制食管癌细胞的增殖及血管生成拟态，促进食管癌细胞凋亡。

关键词： 静磁场   大豆   萌发   可溶性蛋白   生物锌  

摘要： 该实验探究了静磁场对大豆萌发及生物锌富集的影响。在考察不同静磁场强度（0、15、25、35、45 mT）和处理时间（0.5、1、1.5、2.5、3.5 h）对大豆萌发的发芽率、芽长、鲜重和可溶性蛋白含量变化的基础上，施加不同质量浓度的外源性硫酸锌（0、40、80、120、160、200 mg/L）处理，考察不同静磁场环境及静磁场介入时期（前期、中期和后期）对大豆萌发及其蛋白锌含量的影响。试验表明：静磁场强度为35 m T和处理时间为0.5 h时，大豆萌发效果最佳，芽长（23.54 mm）和可溶性蛋白含量（384.28 mg/g）较对照组分别提高15.70%和19.81%，发芽率和鲜重无显著影响（P>0.05）；在此静磁场条件与120mg/L硫酸锌溶液结合静磁场介入后期处理下，萌发24 h的大豆总锌（106.68 mg/kg）及蛋白锌（27.37 mg/kg）含量较对照组分别提高8.64%和26.68%。综上所述，适宜静磁场环境及外源性无机锌处理可以促进大豆萌发并诱导大豆中蛋白态生物锌的积累，为天然富锌食品原料开发提供了新的技术手段。

关键词： 湖泊微生物   溶解有机质(DOM)   气候变化  

摘要： 溶解有机质(DOM)参与湖泊元素生物地球化学循环,为微生物生存代谢提供能量来源和物质基础,与微生物之间存在复杂的相互关系。文章综述了DOM表征手段,阐述了湖泊微生物与DOM相互作用关系及其代谢机制,探讨了在气候变化背景下,湖泊微生物与DOM对气温升高、盐化、富营养化等关键环境因子的响应。未来需进一步开展陆源DOM输入对湖泊生态系统影响研究,探究湖泊碳库的形成过程及其机制,揭示微生物作用对湖泊碳储存的影响,深化对湖泊生态系统固碳潜力的认识。

关键词： 华南   晚古生代   地层等厚图   岩相图   盆地沉降  

摘要： 【目的】经历过早古生代武夷—云开造山运动后，华南东部进入晚古生代构造平静期，区域内发生大范围海侵事件并沉积了厚层的上古生界沉积序列。其中，泥盆系—下二叠统空谷阶的地层厚度展布、岩相横向变化等特征对了解华南东部在武夷—云开造山垮塌后的古地貌继承、晚古生代盆地沉降、海平面变化等方面有重要意义。【方法】对区内泥盆纪—早二叠世空谷期地层进行厚度和岩性统计，分别编制了早泥盆世、中泥盆世、晚泥盆世、早石炭世、晚石炭世—早二叠世萨克马尔期、早二叠世亚丁斯克期—空谷期的地层等厚图和平面岩相图，并计算各世期的盆地沉降速率。【结果】武夷—云开造山垮塌之后，华南晚古生代盆地的形成与演化可分为两个阶段。第一阶段发生在泥盆纪时期，华南东部呈东北高、西南低的地势特征，盆地沉降速率大（约25 m/Ma）。第二阶段发生在石炭纪—早二叠世空谷期，构造活动趋于平静，盆地大范围接受海侵，盆地沉降速率小（约10 m/Ma）。【结论】结合华南东部泥盆纪大型正断层的展布规律和活动，晚古生代盆地发生第一阶段沉降主要受控于构造活动，其构造活动机制主要来源于武夷—云开造山垮塌，并且与华南板块从冈瓦纳大陆裂离所产生的拉张作用也有一定关联。盆地发生第二阶段沉降主要受控于沉积物负载和气候变化，且晚泥盆世—早石炭世气候变化对盆地沉降的影响较大。

关键词： 线粒体   急性心肌梗死   生物信息学   机器学习   免疫浸润分析   氧化应激   炎症   凋亡  

摘要： 背景：线粒体在急性心肌梗死损伤和修复中具有重要意义，因此基于线粒体基因探索急性心肌梗死发病进展具有重要的临床意义。目的：探究线粒体基因是否可以作为评估急性心肌梗死进展的可靠生物标志物。方法：从高通量基因表达数据库下载急性心肌梗死数据集GSE66360,GSE12288，在线粒体蛋白质数据库获取人类线粒体基因集；对急性心肌梗死数据集GSE66360进行差异基因分析及加权基因共表达网络分析，两者取交集后获得基因进行蛋白质-蛋白质相互作用分析、基因本体论和京都基因与基因组百科全书分析；将交集基因与人类线粒体基因取交集以获得差异线粒体基因，对差异线粒体基因进行基因集富集分析和免疫浸润分析，并在外部数据集GSE12288中进行受试者工作特征曲线分析，验证线粒体差异基因的表达特征。结果与结论：(1)获得急性心肌梗死差异基因548个，差异基因分析及加权基因共表达网络分析显示Blue模块包含基因最多(4 992个)，二者交集基因共有116个，其中肿瘤坏死因子、白细胞介素1B、白细胞介素6、Toll样受体4和白细胞介素10为核心基因；(2)基因本体论分析显示生物过程主要涉及炎症反应、肿瘤坏死因子产生的正调控、细胞表面受体信号通路，细胞组成主要涉及三级颗粒膜、质膜外层和质膜等，分子功能主要涉及免疫球蛋白G结合、跨膜信号受体活性、趋化因子活性等，京都基因与基因组百科全书分析显示，这些基因主要涉及肿瘤坏死因子、白细胞介素17及核转录因子κB通路；(3)共获得8个差异线粒体基因，经过最小绝对收缩和选择算子和比例风险回归模型分析后筛选出4个特征基因，包括佛波醇-12-肉豆酸酯-13-乙酰基诱导蛋白1、BCL2-相关蛋白A1、溶质载体家族25成员37和脱氧核糖核酸聚合酶β，并分别对应了肿瘤蛋白53、氧化磷酸化、硫代谢及甘油磷脂代谢通路；(4)受试者工作特征曲线分析显示4个特征基因均具有诊断意义，并与静息树突状细胞、幼稚B细胞呈显著负相关性；(5)提示佛波醇-12-肉豆酸酯-13-乙酰基诱导蛋白1、BCL2-相关蛋白A1、溶质载体家族25成员37和脱氧核糖核酸聚合酶β表达特征可作为预测急性心肌梗死中线粒体功能的潜在生物标志物，可进一步提高急性心肌梗死预测的准确性。