关键词:
皮肤黑色素瘤
癌症基因组图谱数据库
肿瘤微环境
预后
摘要:
目的 通过探索肿瘤微环境(TME)来确定与皮肤黑色素瘤(SKCM)预后生存相关基因,并进一步构建评估SKCM患者预后的风险预测模型。方法 根据癌症基因组图谱(TCGA)数据库和ESTIMATE算法计算SKCM患者的免疫评分和基质评分,筛选高分组与低分组之间的差异表达基因(DEG),并进一步通过功能富集分析、蛋白质相互作用网络(PPI)、生存分析和Lasso回归分析筛选预后显著相关基因,最终利用预后显著相关基因构建风险预测模型。结果 471例SKCM病例纳入本研究,根据免疫评分和基质评分的中位数,将236例评分≥中位数的患者纳入高分组,235例评分<中位数的患者纳入低分组。高免疫评分组和高基质评分组的中位生存时间分别显著长于低免疫评分组和低基质评分组(P值均<0.05)。Kaplan-Meier生存曲线显示,免疫评分、基质评分均与SKCM患者的生存时间呈正相关(P=0.000 11、0.046)。SKCM患者中高分组和低分组的基因表达数据分析结果显示,高分组和低分组具有不同的基因表达谱。基于免疫评分的结果显示,高分组有1 257个基因上调,20个基因下调[log2差异倍数(|log2(FC)|>1.5),P<0.05];基于基质评分的结果显示,高分组有876个基因上调,42个基因下调[|log2(FC)|>1.5,P<0.05]。免疫评分和基质评分进行基因集富集分析(GSEA),结果显示上调基因主要富集的基因组百科全书(KEGG)通路为细胞因子-细胞因子受体的相互作用、趋化因子信号传导途径、NF-κB信号传导途径等,基因本体(GO)通路为免疫学突触、细胞因子产生的负向调节和正向调节、细胞杀伤等。韦恩图显示,有728个DEG在免疫评分和基质评分的高分组中表达上调,3个DEG在免疫评分和基质评分的高分组中表达下调,即一共731个基于不同评分筛选出的共有DEG。对731个共有DEG进行功能富集分析,结果显示共有DEG与免疫应答具有相关性;生存分析显示,共有599个(81.9%)基因的表达情况与SKCM患者的预后相关,其中596个(81.5%)基因的高表达与SKCM患者更好的预后相关(P<0.05),3个(0.4%)基因的低表达与SKCM患者更好的预后相关(P<0.05)。通过Lasso回归进一步筛选出29个候选基因,利用29个候选基因计算风险评分,并且根据风险评分将SKCM患者分为高风险组(评分≥中位数)和低风险组(评分<中位数);结果显示,低风险组的中位生存时间显著长于高风险组(P<0.000 1),且AUC达到0.66。结论 探索SKCM患者的TME确定了29个SKCM预后相关基因,构建的风险预测模型可用于评估患者生存情况。