关键词： 抑郁症   双相情感障碍   昼夜节律通路基因   多态性  

摘要： 目的探究抑郁症和双相障碍患者昼夜节律通路基因多态性的差异,以为两者的鉴别诊断提供遗传学依据。方法前瞻性收集2012至2018年在东南大学附属中大医院住院的70例5年随访间一直诊断为抑郁症的患者(简称抑郁症组)和68例诊断为双相障碍的患者(简称双相障碍组)。选取昼夜节律通路基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)进行昼夜节律通路基因检测,分析每个SNP的基因型频率、等位基因频率和单倍型在抑郁症和双相障碍间的差异。结果基因型频率分析发现,2组患者中的PER1rs2253820、PER1rs2735611、PER3rs12566042、PER3rs17031614、PER3rs79372391基因型频率的差异有统计学意义[OR(95%CI)分别为2.386(1.173~4.854)、2.357(1.166~4.764)、0.351(0.176~0.703)、0.389(0.196~0.773)、0.389(0.196~0.773);均P<0.05];单倍型分析发现,CLOCK位点rs12505266、rs2272073、rs3817444、rs11133389和rs12505265构成的单倍型中,T-C-C-T-G单倍型在2组患者中的差异有统计学意义[OR(95%CI)=0.108(0.010~1.185),P=0.027]。结论昼夜节律基因多态性在抑郁症和双相障碍患者间差异具有统计学意义,携带PER1rs2253820TT、PER1rs2735611GG基因型是双相障碍的危险因素。

关键词： 昼夜节律   基因   皮肤   创面愈合  

摘要： 皮肤损伤后的愈合是多种细胞、细胞因子以及细胞外基质相互作用的动态过程,任何一个环节的异常都将影响创面愈合的速度和质量。昼夜节律是生物体内自发形成的周期性振荡循环,在维持内环境稳态和调控生理活动中发挥着重要作用。研究表明昼夜节律基因在创面愈合过程中扮演着关键角色。该综述总结了昼夜节律基因对创面愈合不同阶段的影响及其可能的作用机制,以期为创面愈合提供一个新的视角,并为制订更有效的难愈性创面的治疗策略提供理论依据。

关键词： 胡椒碱   肥胖大鼠   脂质代谢   昼夜节律  

摘要： 采用高脂饮食(high fat diet,HFD)诱导的肥胖大鼠模型,探究口服胡椒碱(1-piperoylpiperidine,PIP)对代谢紊乱引发生物钟异常的调控作用。结果表明,PIP减轻了HFD诱导的肝脏损伤,降低了血脂水平,缓解了肝脏生物钟和脂代谢基因的昼夜节律紊乱,恢复了与生物钟密切相关的脂质分子溶血磷脂酸(16:0_18:1)、双甲基磷脂酸(38:8e)、磷脂酰乙醇胺(16:0p_22:6)和甲基磷胆碱(32:4e)的表达水平变化。本研究结果可为PIP调节肝脏脂代谢昼夜节律提供一定的理论依据。

关键词： 昼夜节律   肺腺癌   机器学习   免疫微环境   单细胞分析   列线图  

摘要： 目的 探索昼夜节律基因与肺腺癌（lung adenocarcinoma,LUAD）的发生发展、预后及肿瘤微环境（tumor microenvironment,TME）之间的关系。方法 采用癌症基因组图谱数据，评估昼夜节律基因集在LUAD中的表达、拷贝数变异和体细胞突变频率。采用GO、KEGG和GSEA富集分析探索生物钟基因影响LUAD进展的潜在机制。通过Cox分析、LASSO回归、支持向量机递归特征消除和随机森林筛选特征昼夜节律基因并建立预后模型，并在此基础上构建列线图预测患者1、3、5年生存率。绘制Kaplan-Meier生存曲线、受试者工作特征（receiver operating characteristic,ROC）曲线和时间依赖性ROC曲线评价模型的预测能力，GEO外部数据集进一步验证了预测模型的预后价值。此外，我们还评估了预后模型与免疫细胞和免疫检查点基因的关联。最后，利用单细胞RNA测序（single cell RNA sequencing,scRNA-seq）分析探讨预后相关的特征昼夜节律基因与TME中不同免疫细胞群体之间的分子特征。结果 昼夜节律差异表达基因主要富集于cGMP-PKG信号通路、脂质与动脉粥样硬化和JAK-STAT信号通路等相关生物学过程。筛选出7个昼夜节律基因：LGR4、CDK1、KLF10、ARNTL2、RORA、NPAS2、PTGDS。根据中位风险评分（RiskScore），将样本分为高风险组和低风险组。与低风险组患者相比，高风险组患者表现出更不利的预后结局。免疫学特征分析显示，低风险组和高风险组之间的多种免疫细胞存在浸润差异。大多数免疫检查点基因在高风险组中的表达水平较高，并且RiskScore与CD276、TNFSF4、PDCD1LG2、CD274和TNFRSF9的表达呈正相关，与CD40LG和TNFSF15的表达呈负相关。通过scRNA-seq分析，RORA和KLF10主要表达于自然杀伤细胞。结论 基于7个特征昼夜节律基因的预后模型在预测LUAD的生存方面具有一定的预测价值。昼夜节律基因的表达失调可能通过影响TME来调控LUAD的发生、进展以及预后，这为之后从昼夜节律紊乱影响免疫细胞机制的角度寻找治疗LUAD的潜在策略提供了可能的方向。

关键词： 大黄鱼   昼夜节律基因家族   节律性  

摘要： 为适应季节与昼夜的变化,生物进化出以24 h为周期的内源性基因转录振荡器—生物钟。生物钟的主要调节机制由2个高度保守的正调节器:BAML1和CLOCK,2个负调节器:CRY和PER共同决定的。鉴定了大黄鱼中cry2、cry5、clockb和per3昼夜节律基因,对这些昼夜节律基因构建系统进化树研究发现,cry2和cry5属于同源基因家族,且这些大黄鱼昼夜节律基因在功能域上与其它硬骨鱼的昼夜节律基因高度保守。根据正常光照(12L:12D)对昼夜节律基因在大黄鱼组织中的特异性表达发现,cry2、cry5、clockb和per3在脑组织中表达最显著。结合在正常光照(12L:12D)和恒暗(0L:24D)处理下发现,这些昼夜节律基因只在正常光照下呈节律性。由于光周期可以影响昼夜节律基因的表达,这说明昼夜节律基因在鱼的光敏器官内部自发表达,不同的光周期可以影响光敏器官的昼夜节律基因的节律。

关键词： 昼夜节律   时钟基因   结直肠癌  

摘要： 昼夜节律(circadian rhythm)是生物体为适应地球自转所形成的周期约为24 h的内源性计时系统^([1])。生物钟基因调控昼夜节律的正常运行,在调节人体激素水平、免疫功能、睡眠、代谢等多种生理活动中发挥重要作用,同时还参与调控细胞增殖、分化和代谢等过程^([2])。昼夜颠倒、睡眠和进食模式紊乱会干扰正常人体的昼夜节律系统,长期昼夜节律紊乱会诱发许多慢性疾病,并且也是肿瘤发生的重要致病因素之一^([3])。

关键词： 脑胶质瘤   MRI   CRY1   诊断   预后   免疫细胞浸润   生物标志物   免疫治疗靶点  

摘要： 目的本项研究探讨脑胶质瘤的MRI诊断及昼夜节律基因CRY1对脑胶质瘤表达特性的研究。方法通过MRI等主要影像学诊断脑胶质瘤,片状弥散性T1低信号、T2高信号,可无明显强化为中枢神经系统肿瘤诊断时唯一需要影像学标准的疾病。基于GEO和TCGA数据库下载CRY1基因在胶质瘤中的表达数据。生存分析采用Kapian-Meier和Cox比例-风险回归。最小绝对收缩和选择算符(LASSO)筛选与生存相关的免疫细胞。RNA-Seq分析证实了结果。结果昼夜节律基因CRY1在脑胶质瘤中的高表达与较差的预后相关。GSEA软件筛选出的与胶质瘤相关的信号通路中参与上调的通路有7条。筛选与CRY1结合的蛋白,研究TCGA数据库中CRY1改变频率、突变类型。发现CRY1表达高水平和较高的免疫细胞浸润率相关,对免疫治疗的敏感性更高。结论CRY1的高表达水平与胶质瘤的不良预后密切相关,且CRY1具有较高的免疫浸润率,对免疫治疗的敏感性更高,则CRY1可能做为胶质瘤免疫治疗的生物标志物的潜在治疗靶点。

关键词： 鸭   视黄醇相关孤儿受体B   蛋重   相关性  

摘要： 为探讨鸭昼夜节律相关基因RORB(视黄醇相关孤儿受体B)与鸭蛋重性状的相关性,采用Illumina测序的方法对90只金定鸭RORB基因序列进行测序,以分析RORB基因上3个SNP位点在不同蛋重鸭个体的差异,并与300日龄和450日龄蛋重进行相关性分析;荧光定量PCR的方法检测RORB及相关基因CLOCK、BMAL1和PER2 mRNA在不同蛋重鸭卵巢组中的表达差异。结果表明,RORB基因上Z-35251072和Z-35256947位点的SNP突变与鸭450日龄的蛋重呈显著负相关,Z-35278196位点的SNP突变与鸭300日龄和450日龄蛋重呈显著负相关;RORB和PER2在低蛋重组中的表达显著高于在中蛋重和高蛋重组的表达(P<0.05),而CLOCK和BMAL1在高蛋重组中的表达显著高于中蛋重和低蛋重组的表达(P<0.05)。结果提示,RORB在鸭的蛋重性能中可能发挥重要作用,且可能与昼夜节律相关基因间的相互调节有关,该结果为研究鸭的蛋重性能调控奠定理论基础。

关键词： 胡萝卜   生物钟   REVEILLE   转录因子   表达分析   光合特性  

摘要： 为了解胡萝卜生物钟相关基因REVEILLEs (RVEs)在昼夜节律中的分子调控机制,从胡萝卜基因组中检索获得DcRVEa和DcRVEb基因。对两个光周期不同时间点胡萝卜叶片进行光合参数测定,利用实时荧光定量PCR技术对DcRVEa和DcRVEb基因表达量进行检测与分析。结果显示:DcRVEa和DcRVEb分别含有304和307个氨基酸,均为亲水性蛋白;二级结构以α-螺旋和随机卷曲为主。胡萝卜RVE蛋白序列与其他物种同源性序列相似度为66.69%;DcRVEa与莲(Nelumbo nucifera)进化关系较近, DcRVEb与橡胶树(Hevea brasiliensis)进化关系较近。蛋白互作网络分析结果显示,胡萝卜DcRVEa和DcRVEb与LNK1、LNK2、CCA1、TOC1等生物钟核心元件具有较直接的作用。在两个光周期(48 h)中,胡萝卜叶片净光合速率(P_(n))、气孔导度(G_(s))和蒸腾速率(T_(r))在白天处于较高水平,胞间CO_(2)浓度(Ci)则相反。实时荧光定量PCR结果显示,在两个光周期(48 h)中, DcRVEa和DcRVEb的相对表达量均在黑暗条件下达到峰值。DcRVEa和DcRVEb的表达趋势相似,均响应昼夜节律的变化。本文研究结果为进一步研究胡萝卜生物钟基因DcRVEa和DcRVEb的分子机制提供参考。