关键词:
云南省
独龙牛
扩增子测序
隐孢子虫
内阿米巴原虫
分子流行病学
摘要:
目的:肠道人兽共患寄生虫是引起人和动物之间互感的潜在病原,本研究以云南省怒江州独龙牛为研究对象,通过扩增子测序技术,研究其肠道寄生虫病原组成和群落多样性;通过巢式PCR及常规PCR技术调查独龙牛隐孢子虫及内阿米巴原虫的感染情况,并进行种属鉴定,明确是否存在人兽共患的风险。为当地寄生虫特别是人兽共患寄生虫的防控和研究提供理论依据。方法:第一部分选择夏季5组(独龙江乡、鸠门当村、亚左洛村、古泉村和茨开镇5个采样点)共100份独龙牛粪便样本,提取样本基因组总DNA并扩增标准真核生物18S r RNA基因V9区,基于扩增子高通量测序技术全面调查并分析独龙牛粪便样本中各分类水平下寄生虫病原的组成以及群落多样性。第二部分分四个季节从云南省怒江州怒江流域的鸠门当、亚左洛村、古泉村和茨开镇及独龙江流域的独龙江乡采集到625份独龙牛粪便样本,提取样本DNA,采用巢式PCR方法,基于隐孢子虫的SSU r RNA基因对粪便样本DNA进行扩增,阳性样本用于测序并分析。第三部分从采集到的625份独龙牛粪便样本中提取DNA,采用常规PCR方法,基于内阿米巴原虫的18S r RNA基因对粪便样本DNA进行扩增,阳性样本用于测序并分析。结果:第一部分研究结果显示,对5组样本进行全面分析,独龙牛粪便样本中群落物种丰富度和多样性均很高;在门分类水平上,检测到线虫动物门(Nematoda)和顶复门(Apicomplexa);纲分类水平上,检测到旋唇纲(Spirotrichea)、色矛纲(Chromadorea)、类锥体纲(Conoidasida)及异叶足纲(Heterolobosea);在目分类水平上,检测到散毛目(Sporadotrichida)、肾形目(Colpodida)、小杆目(Rhabditida)及真球虫目(Eucoccidiorida);在科分类水平上,检测到肾形虫科(Colpodidae)、小杆科(Rhabditidae)、尖毛虫科(Oxytrichidae)、肉孢子虫科(Sarcocystidae)、内阿米巴科(Entamoebidae)及棘阿米巴科(Acanthamoebidae);在属分类水平上,检测到尾滴虫属(Cercomonas)、肾形虫属(Colpoda)、芽囊原虫属(Blastocystis)、四鞭毛虫属(Tetramitus)、钩唇属(Diploscapter)、殖口虫属(Gonostomum)、尖毛虫属(Oxytricha)及耐格里属(Naegleria)。其中内阿米巴科、棘阿米巴科、芽囊原虫属及耐格里属均存在人兽共患的风险。第二部分研究结果显示,检出隐孢子虫阳性样本共39份,总感染率为6.24%(39/625),其中茨开镇独龙牛隐孢子虫的感染率最高,为10.04%(23/229),亚左洛村最低,为1.27%(1/79),5个采样点之间感染率差异极显著(P<0.01,χ=16.849)。怒江流域和独龙江流域中独龙牛隐孢子虫的感染率分别为6.28%(35/557)和5.88%(4/68),两个流域之间感染率无显著差异(P>0.05,χ=0.017)。在4个季节中,春季的感染率最高,为15.60%(34/218),秋季感染率最低,为0,不同季节之间感染率差异极显著(P<0.01,χ=50.634)。所有阳性样本中隐孢子虫鉴定为安氏隐孢子虫(Cryptosporidium andersoni)(10/39)、Cryptosporidium sp.(28/39)和瑞氏隐孢子虫(Cryptosporidium ryanae)(1/39),安氏隐孢子虫为人兽共患寄生虫,存在人兽共患的风险。第三部分研究结果显示,检出内阿米巴原虫阳性样本共61份,总感染率为9.76%(61/625)。其中茨开镇独龙牛内阿米巴原虫的感染率最高,为13.54%(31/229),鸠门当村的感染率最低,为4.12%(4/97),5个采样点之间,感染率差异显著(P<0.05,χ=10.187)。怒江流域的感染率为10.41%(58/557),独龙江流域的感染率为4.41%(3/68),两个流域之间感染率无显著差异(P>0.05,χ=2.478)。在4个季节中,夏季的感染率最高,为23.66%(22/93),秋季的感染率最低,为3.33%(4/120),不同季节之间感染率差异极显著(P<0.01,χ=32.955)。所有阳性样本中,51份鉴定为Entamoeba bovis,10份鉴定为Entamoeba ***107/BEL,均不属于人兽共患寄生虫。结论:本研究中不同分类水平上的寄生虫组成显示,内阿米巴科、棘阿米巴科、芽囊原虫属和耐格里属可能是对人造成感染的潜在病原;首次调查并鉴定了该地区独龙牛隐孢子虫和内阿米巴原虫感染情况和虫种,填补了其相关研究的空白,地点和季节是