关键词： 健康体检   数据质量   子宫肌瘤   流行病学   数据库  

摘要： 目的：随着社会经济的不断发展，疾病谱和居民健康需求的转变，我国的健康体检数据积累越来越多，但健康体检数据的科研化进程缓慢，数据质量问题是阻碍其进程的重要原因，本研究以子宫肌瘤（UterineFibroids，UFs）为例，探索如何对健康体检数据的数据质量进行评价及针对质量问题如何进行适当高效的数据处理;并在此基础上揭示我国女性人群中的子宫肌瘤相关影像学改变的发病率、患病率及其分布特征，并分析子宫肌瘤相关影像学改变发病人群和患病人群的相关危险因素。通过评价展示地市级医院健康体检数据的数据质量现况，为进一步利用健康体检数据进行科学研究提供参考，为优化健康体检数据管理提供思路，并为合理估计我国女性人群不同年龄水平子宫肌瘤发病和患病现况提供数据支撑。　　方法：通过查阅国内外数据质量评价的相关文献，结合健康体检数据的实际特征，确定本研究中数据质量评价维度和指标。针对某地市级医院2017年10月～2022年12月全部女性体检人群的体检数据，按照已确定的质量评价的维度和指标开展评价，并基于SAS软件给出解决某些质量问题的数据处理方法，并编制宏代码，以期实现数据的高效处理;在数据质量评价和数据处理的基础上，通过专家意见法筛选出子宫肌瘤相关的影像学改变，并将具有任一子宫肌瘤相关影像学改变条目的体检对象定义为病例，进一步计算发病密度、年龄别发病率、患病率、年龄别患病率等。通过单因素logistic回归分析筛选相关因素后（关键变量：身体质量指数（BodyMassIndex,BMI）、收缩压、舒张压、血脂和血糖水平），进行多变量逐步logistic回归分析，以估计相对危险度（OR）及其95%置信区间（95%CI）。SASPROCMIANALYZE用于合并回归分析的结果，并提供回归模型的最终参数估计。为确定子宫肌瘤相关影像学改变的相关因素与年龄之间的差异，对年龄进行了分层分析（≤40岁和＞40岁）。　　连续变量以平均值±标准差表示，分类变量以病例数及其百分比表示。方差分析、t检验和Wilcoxon秩和检验用于检验病例组和对照组之间的差异。所有的统计分析均使用SAS（9.4版，Cary，NC）进行。统计学意义设定为P＜0.05，双侧检验。　　结果：结合质量评价文献，考虑健康体检数据定量的质量评价维度和指标的可行性，本研究确定了健康体检数据的质量评价维度和指标，即“完整性”“代表性”“合理性”“一致性”“时效性”5个评价维度共计10个评价指标。2017年10月至2022年12月共计导出健康体检记录193692条，其中女性的健康体检记录84838条（43.80%），根据子宫肌瘤疾病频率计算及影响因素分析需求，从导出的健康体检数据库中筛选出相关变量137个。定量评价结果显示，与第七次全国人口普查的女性人口年龄构成比较，二者15岁及以上的人群年龄分布没有统计学差异（?2=8.91，P＞0.5），健康体检数据的女性人群年龄构成分布比较合理，不存在堆积现象（MI=7.18）;健康体检数据的实验室检测指标未见异常值，如血糖、血脂等未见异常值;在健康体检必选项目（基本项目）中，除体检号、姓名、性别、年龄不存在缺失，其他检查指标下的缺失率较大，身份证号缺失率为17.28%（14746/84838），身高缺失37.31%，体重缺失37.39%，身体质量指数BMI的缺失率为37.76%，血脂检测相关指标的缺失率最小为36.25%，最大为37.04%，腹部彩超的缺失率为42.70%;在健康体检非必选项目中，经阴道超声检查的未检查率为77.04%，机体激素水平和维生素D水平未检查率高达98%。　　且长期连续进行健康体检的人群较少，其中只有一次体检数据记录的人数为55969，有两次及以上体检记录的人次数为14718，定期体检率为26.30%（14718/55969），有三次及以上体检记录的人次数为5951，定期体检率为10.63%（8767/55969）。经过人工测量后录入系统的检测值存在一定程度的异常值，收缩压的异常值发生率为1.05%（559/53082），舒张压的异常值发生率为0.11%（56/51595）。在一致性方面，也可见到同一体检指标重复出现，导出的数据格式不一致等现象（37.68%，52/138），由人工录入的身份证号位数有误、与实际记载年龄和性别存在差异等。　　针对健康体检数据已有的质量问题可以通过一定的数据处理的方式进行修正和改善，如重复指标可以进行导出后合并、对异常值进行纸质档案核查后修订或直接进行删选、导出格式不一致的指标可以通过统计软件进行核查后修改等，本次研究基于SAS软件提出了针对部分问题的处理办法及详细代码。　　用地市级医院连续3年的健康体检数据，通过专家函询的方式筛选出与子宫肌瘤最相关的影像学改变条目17个。结果显示，在中国一般人群中，子宫肌瘤的相

关键词： 牙周病   心血管疾病   流行病学   性别差异   Meta分析  

摘要： 目的:　　国内外的研究已经明确了牙周病（Periodontaldisease,PD）与心血管疾病（Cardiovasculardisease,CVD）之间的联系，但尚不清楚牙周病与心血管疾病之间的相关性是否存在性别差异。因此本文主要是研究牙周病与心血管疾病之间的性别差异。　　方法:　　通过检索PubMed、Embase和Cochrane等三大数据库从1999年1月1日至2022年6月21日的符合要求的文献。心血管结局包括心血管疾病、心肌梗死（MI)、冠心病（CHD)或中风等。本研究研究报告了心血管疾病在牙周病患者中的患病率以及牙周病与心血管疾病之间的性别差异。该研究注册于PROSPERO网站（注册号：CRD42022333663）。证据水平等级由GRADEprofiler软件评估。　　结果:　　本文总共纳入26项研究。最终结果显示在牙周病患者中，心血管疾病的患病率为7.2%(在牙周病与心血管疾病的患病率中包含9项研究;95%可信区间(Confidenceinterval,CI):2.7%-13.6%)，在牙周病患者中，冠心病、高血压、中风和心力衰竭患病率分别为6.6%、25.3%、1%和1.1%。同时在男性牙周病患者中，牙周病与心血管疾病之间存在显著相关性（优势比（OR)=1.22;95%CI:1.12-1.34），在女性牙周病患者中，牙周病与心血管疾病之间也存在显著相关性（OR=1.11;95%CI:1.05-1.17），由此看出在牙周病与心血管疾病相关性中性别差异无统计学意义（P＞0.05)。　　结论:　　在牙周病患者中心血管疾病较为常见，心血管疾病风险的增加与牙周病显著相关，且牙周病与心血管疾病的相关性独立于性别，与性别无关。针对牙周病的干预措施可能对心血管疾病有益。

摘要： 目的:通过对某三甲综合医院应激性心肌病(SIC)的流行病学及临床资料分析,探讨SIC诊断存在的问题及临床特点。方法:通过某三甲综合医院信息系统数据库,按照国际疾病分类方法(ICD-10),查询2018年1月～2022年12月五年间出院诊断(主要诊断或次要诊断)编码为I42.8的39例SIC患者病历资料,运用统计学对比分析流行现状,结合修订的梅奥诊断标准和Inter TAK诊断标准分析SIC的诊断情况并对其临床特点进行描述性研究。结果:某三甲综合医院2018年至2022年出院诊断SIC共39例。五年内出院诊断SIC占年出院总人数的比例曲线变化,出院诊断SIC总量占五年出院总人数比例为0.054‰,对比美国2019年和2020年大数据研究诊断SIC占年出院总人数比例0.5%,该三甲综合医院SIC诊断率显著偏低。SIC在该三甲综合医院分布于12个科室,内科诊断多于外科,多数外科未行诊断。23.08%的SIC诊断符合修订的梅奥诊断标准,87.18%的SIC诊断符合Inter TAK诊断标准,12.82%的SIC诊断既不符合修订的梅奥诊断标准也不符合Inter TAK诊断标准,SIC入院误诊率为25.64%,反应该三甲综合医院诊断SIC不够规范且入院时易被误诊。女性SIC患者多于男性,中老年女性为好发人群。符合诊断标准的SIC(34例)中,由躯体因素诱发的患者(26例)占72.73%,其中女性患者22例,是男性患者的5.5倍。符合诊断标准的34例SIC患者均检查了心电图,91.18%符合SIC异常心电图常见改变:ST段抬高、压低,T波低平、倒置、双向以及病理性Q波,QT间期延长;34例均于诊断前进行了心脏超声心动图检查,3例呈现典型的心尖球形样改变,30例表现为左心室室壁功能障碍,1例表现为双心室室壁运动障碍;34例中30例(88.24%)检查了肌钙蛋白Ⅰ(c Tn I),c Tn I水平轻度升高,30例(88.24%)检查了肌酸激酶同工酶(CK-MB),CK-MB水平升高较明显,18例(52.94%)检查了(NT-pro BNP),NT-pro BNP水平显著升高,实验室检查结果大致符合国内外研究,该三级甲等综合医院临床上对SIC的实验室检查应用不充分,三项有意义的实验室检查(c Tn I、CK-MB、NT-pro BNP)同时具备的患者仅14例(41.18%)。符合诊断标准的34例SIC患者中11例检查了冠状动脉造影,其中9例符合修订的梅奥诊断标准。结论:该三甲综合医院临床医师对SIC的认识尚不充分,诊断不够严谨规范,应加强SIC的相关知识培训,熟悉诊断标准和临床特点,尤其实验室等辅助检查的合理应用,将有助于SIC的正确诊断。

关键词： IBVS1蛋白基因   流行病学调查   遗传演化分析   病毒致病力和组织亲嗜性试验   微滴式数字PCR检测方法  

摘要： 鸡传染性支气管炎(Avian infectious bronchitis,IB)是由鸡传染性支气管炎病毒(Avian infectious bronchitis virus,IBV)引起的一种呼吸道、消化道及生殖道等一系列多症状的疾病综合症,本病分布范围广、传染性较强,属于能对家禽养殖业带来重大经济损失的二类疫病。在病毒分类学方面,鸡传染性支气管炎隶属于尼多病毒目(Nidovirales)、冠状病毒科(Coronaviridae)、γ冠状病毒属,于1930年在美国被首次发现。本病毒由于其特殊的单螺旋RNA结构,在复制过程中极易发生碱基的替换、缺失和插入,造就了本病毒高突变性的特点,且不同血清型与基因型之间的交叉保护性相对较弱等原因,在考虑到养殖成本的情况下,疫苗预防始终存在一定的局限性,而对于该病病禽的治疗目前多以根据临床症状对症下药,实属被动。本文旨在对山东省各地市养鸡场、屠宰场等场所的鸡群进行IBV流行病学调查,以期掌握本病近年来最新的流行动态,另外本试验还建立了IBV微滴式数字PCR的检测方法辅以调查协助。本研究于2021～2023年对山东省各地市养鸡场、屠宰场进行了大量的样品采集,共收集病料407份(包含组织器官、泄殖腔和咽拭子)进行了IBV分子生物学的检测,通过空间、时间和检测结果分析对本病在本省的流行情况已有初步的掌握,结果表明,在山东省13个地市的407份病料中,阳性检出率高达27.2%(111份)。在时间分布方面多以春初、秋末及冬季等寒冷季节为主,在空间分布方面以济南(53%)、泰安(33%)和东营(28.8%)阳性感染率最高,造成这种情况的原因可能是由于该地区为节省养殖成本并未对该厂鸡群进行疫苗免疫或免疫疫苗与流行毒株不符。与此同时,本研究对成功分离的34株IBV毒株进行了S1蛋白基因组测序,通过遗传演化分析得出,34株测序株之间的同源性在76.5%～100%,其中在测序株之间X613C01株和NKY-2S1株的同源性相较于与其他32株测序株的同源性略低,同时也有部分测序株与国外参考毒株同源性高度相似,不难怀疑是由于畜产品贸易或候鸟迁徙传播所导致。另外,本试验的34株测序株共包括5种基因型,分别是GI-22基因型2株、GI-13基因型1株、GI-7基因型1株、GI-1基因型1株和GI-19基因型29株,GI-19基因型的代表毒株为QX型,该毒株也是目前我国各省份最大的优势毒株,广泛分布于全国各地,并且有研究表明流行的同一基因型的QX型毒株表现出了抗原变异和致病性差异。与此同时,本试验还成功对QX基因型的DY566、Zhang Qiu3-18和Dong Yingjk15三株毒株进行了动物实验和病理组织切片,以此探究IBV同一基因型之间致病力和对组织亲嗜性的差异。由于IBV与其他禽类疾病在临床症状上有许多相似之处,感染病鸡也会因为免疫力低下而造成继发、混合感染,危害颇大,所以有必要创建一种精确、快速可以直观勘测所感染毒株组织亲嗜型的检测方法-dd-PCR。本试验根据IBV病毒的保守蛋白之一M蛋白设立了通用性引物及探针,利用所构建的阳性质粒为标准进行了检测方法各个条件的摸索及优化,试验结果如下:本方法的最优引物浓度(800n M/L)、探针浓度(4800n M/L)、升降温速率(1.5℃/s)、退火温度(56.5℃)和灵敏度(1.5copies/μL),并进行了特异性试验,重复性试验及线性关系的结果分析,结果表明本试验所建立的Taqman探针微滴式数字PCR检测方法具有灵敏度高、特异性强能实现对阳性样品核苷酸绝对定量检测等优点。所以利用这一特性,对DY566、Zhang Qiu3-18和Dong Yingjk15三株毒株进行了攻毒雏鸡IBV组织亲嗜性试验的测定,最终结合病理组织切片结果得出:Zhang Qiu3-18为肾性毒株强毒株,DY566和Dong Ying JK15为腺胃型毒株,证明了本方法具有很高的临床实用性。

关键词： 人呼吸道合胞病毒   流行病学   实验室检测   感染   诊断  

摘要： 前言本文件按照GB/T 1.1—2020 《标准化工作导则第1部分：标准化文件的结构和起草规则》的规定起草。请注意本文件的某些内容可能涉及专利。本文件的发布机构不承担识别专利的责任。本文件由中华预防医学会提出并归口。本文件起草单位：中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所、国家儿童医学中心（北京）/首都医科大学附属北京儿童医院、首都儿科研究所、温州医科大学附属育英儿童医院、国家儿童健康与疾病临床医学研究中心/重庆医科大学附属儿童医院、中国医学科学院病原生物学研究所、长春市儿童医院、河南省疾病预防控制中心、甘肃省疾病预防控制中心、深圳市儿童医院、中日友好医院。

关键词： 院外心脏骤停   儿童   流行病学   救治  

摘要： 研究背景心脏骤停是指患者心脏正常机械活动停止,循环征象消失。院外心脏骤停(out-of-hospital cardiac arrest,OHCA)指发生在医院外(例如家庭或公共场所)的心脏骤停,是世界范围内的严重公共卫生问题,发病率高,预后极差。相比于成人患者,儿童OHCA识别率低、发病率和生存率的长期趋势所知较少、公共卫生负担更重。近年来,国际上已有多个国家或地区陆续开展调查,分析儿童OHCA的流行病学特征及救治情况。经紧急医疗服务(emergency medical services,EMS)接诊的儿童OHCA年发病率为1.8/10万-37.9/10万,男性儿童占比约为58.6%-78.6%,家中为最常见的发病地点,首次监测心律以不可电击心律为主(如心脏停搏、无脉性电活动)。经EMS救治的儿童 OHCA,自主循环恢复(return of spontaneous circulation,ROSC)率为 8.6%-42.0%,存活出院或存活30天率为4.7%-17.4%,30天或出院时神经功能预后良好率为2.4%-14.5%。与成人OHCA类似,影响儿童患者预后的因素包括年龄、性别、骤停发生地点、首次监测心律、病因、心肺复苏术(cardiopulmonary resuscitation,CPR)的实施及CPR类型、气道管理及药物应用等。然而,近年来多项探索儿童OHCA预后因素的研究结论存在一定争议,限制了对儿童OHCA的认识及救治方案的改进。目前,我国儿童OHCA的研究较为匮乏,仅有北京、香港及台湾地区报道了儿童OHCA的发病情况,缺乏全国性数据,且未对儿童OHCA救治质量和结局的影响因素进行深入分析,无法明确我国儿童OHCA流行病学特征及救治过程中的薄弱环节,无法提出针对性的改进措施,阻碍了我国儿童OHCA救治质量的改进。因此,本研究旨在使用中国首个全国性、前瞻性、基于人群的OHCA队列研究:中国人群心脏骤停调查-院外心脏骤停(Baseline Investigation of Out-of-Hospital Cardiac Arrest,BASIC-OHCA)数据,分析我国儿童OHCA流行病学特征及救治现状,探究影响我国儿童OHCA预后的关键因素,从而为我国儿童OHCA的救治提出针对性的指导措施,改善儿童OHCA这一特殊危重疾病的救治质量。研究目的1.了解中国儿童OHCA发生年龄、性别、地点、病因、首次监测心律、旁观者CPR、除颤、气道管理等流行病学特征。2.明确中国儿童OHCA流行病学特征及救治现状对患者预后的影响,发现当前我国儿童OHCA救治的薄弱环节,提出针对性改进意见,提升儿童OHCA救治质量。研究方法本研究使用BASIC-OHCA项目中儿童(≤19岁)患者数据开展研究分析。BASIC-OHCA是中国首个全国性、多中心、前瞻性心脏骤停队列研究,覆盖31个省级行政单位。该队列研究依据国际统一的Utstein标准,规范、连续地采集中国人群OHCA发病救治及预后的全链条数据。本研究分析了 2019年8月-2020年12月入组BASIC-OHCA项目的儿童患者数据。BASIC-OHCA的纳入标准:经EMS接诊的所有OHCA患者,包括被EMS人员在现场宣布死亡的患者。BASIC-OHCA的排除标准:可疑心脏骤停的患者,在未经除颤或CPR的情况下实现ROSC。纳入标准:BASIC-OHCA队列的患者;年龄≤19岁。排除标准:未接受CPR或除颤的患者。变量收集:基线特征,包括年龄、性别、骤停发生地点、骤停病因、首次监测心律等;救治特征,包括目击状态、旁观者CPR、调度员指导的CPR、EMS反应时间、EMS现场时间、EMS转运时间、气道管理、药物应用等;结局事件,包括现场ROSC、任意ROSC、存活出院或存活30天、出院或30天神经功能预后良好(脑功能表现分级评分1-2 分)。主要终点事件:任意ROSC。次要终点事件:存活出院或存活30天、出院或30天时神经功能预后良好。统计分析:描述性数据分析结果按照年龄分层(<1岁,1-4岁,5-9岁,10-14岁,15-19岁)呈现,分类变量使用例数(百分数)表示,组间差异运用卡方检验进行比较;连续性变量,符合正态分布者应用均值±标准差表示,运用t检验进行比较,不符合正态分布的变量使用中位数(四分位数间距)表示,运用Wilcoxon非参数检验进行比较;单因素logistic分析用以评估各因素对结局的影响,单因素分析中P<0.1的变量及OHCA事件特征、救治特征中被认为影响预后的经典变量被纳入最终的多因素logistic回归分析;多因素logistic回归分析中,优势比(oddsratio,OR)及其95%置信区间(confidence interval,CI)作为衡量结局的指标,P<0.05

关键词： 新生儿   败血症   流行病学   患病率   死亡率  

摘要： 目的:调查分析2020年邯郸市全住院新生儿败血症患儿的发病率、死亡率、死亡风险因素,总结其临床特征、病原学及转归等,了解邯郸市新生儿败血症的临床流行病学特点,丰富我市新生儿感染性疾病的流行病学资料。为本地区新生儿败血症的经验性治疗提供参考依据,对降低新生儿病死率具有重要意义。方法:通过采用描述性流行病学调查的研究方法,回顾性收集2020年度邯郸市、县区38家二、三级医院244例新生儿败血症病例信息、填写个案调查表(患儿出生情况、临床表现、实验室检查、诊疗转归情况、母亲流行病史等),采用临床流行病学常用疾病与转归诊断标准对新生儿败血症患儿的发病率、病死率、死亡率、死亡风险因素等进行统计分析,按照早发型(Early-onset sepsis,EOS)与晚发型新生儿败血症(Late-onset sepsis,LOS)进行分组比较。所得数据运用SPSS26.0软件进行统计分析。结果:1.2020年邯郸市全出生人群79 290例,剔除死胎死产278例后,全活产人群79 012例。全住院人群10 840例,其中新生儿败血症患儿244例,占全活产人群发病率3.1‰,全住院患病率2.3%。败血症患儿34例于住院期间或者新生儿期内死亡,住院病死率13.9%,基于全住院人群的病死率0.3%,基于全活产出生人群的死亡率0.4‰。EOS全住院患病率1.2%,病死率14.8%;LOS全住院患病率1.0%,病死率12.8%。2.新生儿败血症围产流行病学特征:男女性别比1.74:1,中位胎龄[四分位间距(IQR)]为38.0[7.29]周,中位出生体重[IQR]为2845[1645]克,产房复苏占比47.1%,不同胎龄(<28周、28～31周、32～36周、37～41周、≥42周)产房复苏比例分别为100%、93.9%、88.9%、14.5%、0%,胎龄越小,产房复苏比率越高,需要高级复苏的比率也越高。***组与LOS组一般资料比较:EOS组135例,LOS组109例。男女比例分别为1.76:1和1.73:1,两组性别比率无统计学差异(P>0.05);EOS组以足月儿为主,LOS组以早产儿为主,两组胎龄构成有统计学差异(P<0.05);LOS组低出生体重儿比例显著高于EOS组(P<0.001)。***组与LOS组患儿母亲流行病学资料比较:EOS组顺产与剖宫产比例0.85:1,LOS组为1.18:1;EOS组多胎占比高于LOS组,有统计学差异(P=0.005);EOS组患儿母亲胎膜早破>18h与产前感染的发生率显著大于LOS组(P=0.003与P=0.04);其他因素如母亲妊娠次数、分娩次数、分娩方式、受孕方式、羊水、胎盘、脐带情况、妊娠糖尿病、妊娠高血压、贫血等在两组间均无统计学差异(均P>0.05)。***组与LOS组流行病学资料比较:尽管两组发生宫内窘迫的比率无显著性差异(P=0.342),但LOS组发生出生窒息、Apgar 1min≤7及需要产房复苏的比例均显著大于EOS组,两组间差异有统计学意义(P值分别为0.003、0.009、0.016);LOS组应用机械通气、肺表面活性物质、肠外静脉营养的比例均显著大于EOS组(P值分别为<0.001、<0.001、0.005);LOS组接受侵袭性操作如:气管插管、PICC、脐血管置管的比例也显著高于EOS组(P值分别为<0.001、0.026、0.007、<0.001)。***组与LOS组临床表现比较:EOS组与LOS组相比,出现水肿比率更高(25.2%vs 9.2%),组间比较有统计学差异(P<0.001);两组出现其他全身表现异常的比率无统计学差异(P>0.05)。EOS组较LOS组更易出现呼吸系统、泌尿系统症状及肌张力低的体征,两组间比较均有统计学差异(P<0.001、P=0.005、P<0.05)。两组患儿在消化、循环及血液系统等方面对比无显著性差异(均P>0.05)。***组与LOS组实验室资料比较:EOS组出现降钙素原、心肌酶谱CK-MB异常的发生率显著高于LOS组,组间差异均有统计学意义(均P<0.05);两组间对比出现白细胞计数、血小板计数、C反应蛋白异常的发生率均无统计学差异(均P>0.05)。***组和LOS组病原学资料比较:败血症患儿血培养送检率80.7%,阳性率25.9%;脑脊液培养送检率27.5%,阳性率4.5%。54例血或脑脊液培养阳性的病原菌均为单一菌株。EOS与LOS病原菌均主要以革兰氏阳性菌为主(66.67%),常见菌为表皮葡萄球菌(24.08%)、大肠埃希菌(18.52%)、溶血葡萄球菌(9.26%)等。革兰阳性菌对苯唑西林耐药率53.8%,对庆大霉素、万古霉素、利奈唑胺敏感;革兰氏阴性菌对氨苄西林耐药率70.0%,对头孢替坦、左氧氟沙星、环丙沙星

关键词： 牡蛎疱疹病毒   流行病学   毛蚶   基因组测序   分析  

摘要： 牡蛎疱疹病毒1型(Os HV-1)属软体动物疱疹病毒科(Malacoherpesviridae),牡蛎疱疹病毒属(Ostreavirus),是一种双链DNA病毒,可以感染多种双壳贝类,对贝类幼虫及稚贝的致死率极高,可达90%以上。Os HV-1自发现以来在世界范围内广泛流行,二十一世纪以后传入我国,成为制约我国贝类养殖业健康发展的主要传染性病原之一。近几年,牡蛎疱疹病毒病频频爆发,导致了贝类生长缓慢、产卵孵化率低和发病死亡率高等系列问题,给我国贝类养殖业造成了巨大的经济损失。本研究通过已经建立的巢式PCR方法,对2021～2022年度山东省牡蛎疱疹病毒的流行情况进行了调查,采集了山东七个沿海地市的筏式与滩涂养殖贝类样品进行了检测,完善了近两年山东省牡蛎疱疹病毒流行病学规律。2021年在威海、烟台、滨州、东营、潍坊、日照和青岛共采集了287份样品,阳性率为21.25%,其中来自东营的样品阳性率最高,达到了72.40%,毛蚶的阳性率最高,达到了50.00%,筏式养殖贝类的检出率为14.29%,滩涂养殖贝类的检出率为23.21%;2022年在威海、威海文登、烟台滨州、东营、潍坊、日照和青岛共采集了384份样品,阳性率为16.14%,其中来自滨州的样品阳性率最高,达到了75%,海湾扇贝的阳性率最高,达到了25%,筏式养殖贝类的检出率为23.33%,滩涂养殖贝类的检出率为14.81%。综合2017～2022六年内实验室的检测结果:2017～2022年检出率分别为:11.5%、15.7%、17.83%、17.2%、21.25%、16.14%,可以看出检出率整体呈缓慢波动上升趋势,不同地区的阳性率具有差异性,不同品种的贝类感染Os HV-1也有差异。为了在分子水平上研究牡蛎疱疹病毒的变化,本研究通过二代测序与一代测序相结合的方法对一株2017年在山东羊口镇引发毛蚶幼贝大规模死亡的牡蛎疱疹病毒(毛蚶株)进行基因组测序,并将其命名为Os HV-1-YK。首先根据己公布的Os HV-1基因组序列(Gen Bank:AY509253)等资料设计了长片段PCR扩增引物并进行了克隆,得到了毛蚶株牡蛎疱疹病毒基因序列片段,将这些片段的末端相互重叠,最后拼接后得到了牡蛎疱疹病毒毛蚶株基因组序列,并利用不同数据库的注释,探究了毛蚶株的基因组的结构与功能。本研究应用长片段PCR扩增和分子克隆等技术,测得牡蛎疱疹病毒毛蚶株全基因组全长199,267 bp,该基因组序列的长度比Os HV-1基因组序列(207,439 bp)短8,172 bp,比AVNV基因组序列(210,993 bp)短11,726 bp,比Os HV-1-SB(199,354 bp)短87 bp。GC含量为38.41%,与AVNV(38.5%)和Os HV-1-SB(38.5%)的GC含量相似,略低于Os HV-1的38.7%。毛蚶株与Os HV-1、AVNV和Os HV-1-SB在DNA水平的相似度分别为99.61%、99.48%和99.66%。通过分析毛蚶株的基因序列,发现了两组较长的反向重复序列,第一组长度为3,533 bp,位置为1～3,533 bp与176,261～179,794 bp;第二组长度为7,458 bp,位置为178,776～187,233 bp与191,810～199,267 bp,其结构为TRL-UL-IRL-US-TRS,符合疱疹病毒六种结构类型中的D型。用32个开放阅读框的序列构建系统进化树,包括Os HV-1、AVNV以及Os HV-1-SB,结果显示,毛蚶株与魁蚶株Os HV-1-SB亲缘关系最近,与Os HV-1μVar等法国变异株关系最远。不同数据库的注释分析结果显示,Pfam结构域分类有六个相同结构域的为:BIR(泛素蛋白连接酶),zf-C3HC4-3(与蛋白质、锌离子结合有关);有两个相同结构域的为:DNA primase S(脱氧核糖核酸引物酶),Zf-RING-5(锌指蛋白)。GO注释将47个基因主要分类为三个方面:生物过程中有病毒DNA基因组复制(1)、DNA复制修复和重组(1)、DNA复制(3)、DNA包装(1);分子功能中有去氧核糖核酸外切酶(1)、核苷酸结合(1)、金属离子结合(8)、DNA聚合酶(1)、DNA引物酶(2)、DNA结合(1);细胞组分中有膜组成(19)、与宿主细胞膜互作(8)。KEGG数据库注释了在新陈代谢(Metabolism)A级通路下,包含了四个参与核苷酸代谢(Nucleotide metabolism)、两个全局和概述图谱(Global and overview maps)的B级通路。Uniprot数据库共预测了135个功能基因,但有9个并未通过BLASTp证实(包括了ORF＿PT1、PT2、PT4、PT5、PT5、

关键词： 宜宾   耐药结核病   流行特征  

摘要： 目的:当前DR-TB在世界范围内呈流行趋势,且已成为世界结核病控制中日益突出的难题。因为宜宾市缺少近几年最新的DR-TB流行病学资料,分析宜宾市2017-2021年耐药肺结核(DR-TB)的流行病学特征,为制定耐药结核病防控措施提供依据。方法:从“中国疾病预防控制信息系统”收集2017年1月1日至2021年12月31日经宜宾市结核病定点医院确诊登记的耐药肺结核病例资料数据(如:性别、年龄、职业、地区、确诊日期、发病日期、确诊方式、既往抗结核治疗史、合并症、HIV筛查结果、耐药分型、诊断分类等),对宜宾市耐药肺结核流行病学特征进行回顾性、描述性分析。结果:1.2017-2021年宜宾市共登记耐药肺结核患者299例,各年份发病率在1.07/10万-1.71/10万之间波动,2018年最高,五年平均报告发病率1.32/10万。报告发病率无明显变化趋势。2.报告患者中男性232例,占77.59%,女性67例,占22.41%,男女比例为3.46:1。男性报告发病率远远高于女性,差异有统计学意义(P<0.05)。3.从年龄分布看,35-54岁年龄组耐药肺结核患者例数最多,为132例,占44.15%。4.职业分布来看,发病居前四位且有明确分类的职业分别是:农民(190例),家务或待业(36例),学生(22例),离退人员(16例),分别占63.55%,12.04%,7.36%,5.35%,其余职业较低。5.地区分布上,发病数最多的是翠屏区,占26.42%,叙州区第二,占19.06%。6.从诊断分类情况看,初治患者123例(41.14%),复治患者176例(58.86%),各年份均为复治患者较初治患者更多,各年份初、复治患者构成比无明显变化趋势。7.检测方法及耐药分型:表型药敏方法诊断43例,其中RR-TB 9例,MDR-TB 31例,XDR-TB 3例。分子生物学方法检测256例,其中3例为异烟肼耐药;经Xpert MTB/RIF发现RR-TB 253例,其中147例进一步做了所有一二线药物的耐药相关基因突变检测或传统药敏试验,发现RR-TB 45例,MDR-TB 98例,Pre-XDR-TB 2例、XDR-TB 2例;另外106例未行进一步检测,被认定为RR-TB。所以最终统计结果如下:异烟肼耐药3例(1.00%),RR-TB 160例(53.51%),MDR-TB129例(43.14%),Pre-XDR-TB 2例(0.67%)、XDR-TB 5例(1.67%)。RR-TB构成比呈下降趋势,MDR-TB、XDR-TB构成比呈上升趋势。结论:1.2017-2021年宜宾市耐药肺结核年报告发病率平均1.32/10万,与2015年及2016年相比有明显上升趋势。高风险人群为:男性、农民、中青年人群、复治患者,高发地区为翠屏区、叙州区。2.报告的病例中RR-TB最多,MDR-TB次之;RR-TB构成比呈下降趋势,MDR-TB、XDR-TB构成比呈上升趋势,但RR-TB中可能有部分MDR-TB、Pre-XDR-TB、XDR-TB未被发现。