关键词： 新型冠状病毒   风险评估   综合医院   流行病学  

摘要： 目的:分析国内外新冠疫情防控相关研究的现状,以其研究热点与发展趋势为背景,构建多维度、多方面的医院新冠疫情风险评估体系及量表并进行实证,进一步明确医院不同科室新冠疫情发生风险做出评价和预警,并提出相应对策。方法:1.检索CNKI、Web of Science数据库中近三年(2020年-2022年)新冠疫情防控相关的研究,利用CiteSpace 6.1.R6和VOSviewer软件对纳入文献的作者、机构、国家、关键词等进行图谱网络共现;同时利用突变词图谱展示当前的研究热点。2.搜集文献资料,筛选新冠疫情风险评估的相关条目;利用Delphi法对条目进行评价;通过层次分析法计算各条目的归一化权重(Wi)及组合权重。3.对量表信度采用Cronbach’s α系数、重测信度系数进行分析;内容效度3指数(I-CVI、S-CVI/UA、S-CVI/Ave)、相关性分析和探索性因子分析探索量表的效度。4.利用构建的量表对江西省某三甲综合医院38个临床科室进行风险评估,使用TOPSIS法计算各科室风险综合指数,并针对高风险科室提出防控建议。结果:1.共筛选出中文文献1290篇、英文文献2269篇;分析出中文文献作者174人、英文文献作者139人;提取出中文关键词134个、英文关键词82个,主要有“疫情防控”“应急管理”“impact”“public health”等;其中中文文献产生聚类6个,英文文献5个,聚类结果均显著且合理。***法评估专家共16人,其中高级职称4人,副高级职称8人,中级职称4人,经过两轮Delphi法打分,显示两轮所有专家的权威系数均大于0.8,第二轮较第一轮有所提高;专家意见协调性检验,P<0.05,两轮评分表的专家意见协调系数均有效,意见协调性较好;最终纳入38项条目,其中传染源14项、传播途径4项、易感人群11项、应对能力9项。3.量表的Cronbach’s α系数为0.982,重测信度为0.978,均大于0.7;38个条目的I-CVI在0.81～1.00之间,均大于0.78,K*值在0.81～1.00之间,均大于0.74,全体一致 S-CVI 指数 S-CVI/UA=0.97;平均 S-CVI 指数 S-CVI/Ave=0.97;各维度与总量表的相关系数分别为传染源0.967;传播途径0.968;易感人群0.977;应对能力0.815,P均<0.05;运用主成分分析法提取出4个成分,方差总变异的累计贡献率为94.995%,与量表设计的4个维度高度吻合。4.综合分析38个科室情况,得出风险指数前10名的科室从高到低依次为医学影像科、儿科、超声医学科、心脏大血管外科、感染科、急诊科、呼吸与危重症学科、全科医疗科、耳鼻喉颈外科、口腔科、产科。结论1.国内有关新冠疫情流行病学的研究取得阶段性成效,研究重点包括了疫情防控措施和策略的有效性上;英文研究热度随着疫情发展呈波动态势,其研究重点在药物的治疗和预防上,疫苗成为研究的重点。国内外的研究均较为分散,需加强各研究团队合作,丰富研究方向及内容。为后续开展关于综合医院新冠疫情发生的风险评估提供了研究方向及理论依据。2.构建《综合医院新冠疫情防控风险评估》量表,共4个维度11个方面38个指标;专家对量表条目评价结果较好;量表各维度占比,符合当前疫情防控重点要求。3.量表的信效度较好,能适用于当前临床科室疫情调查和评价,为进行医院新冠疫情发生风险的评估提供了可靠的评估工具。4.评估的综合医院的38个临床科室,发现辅助检查科室的危险度较临床诊疗科室高;在临床诊疗科室中儿科、急诊科、呼吸与危重症学科、感染科等拥有重点人群的科室风险程度较高;并针对其风险特征提出防控意见。

关键词： 流感   流行病学   临床特征   重症   危险因素  

摘要： 目的:通过分析2021—2022年度海南医学院第一附属医院的流感监测数据,了解新冠疫情期间海口地区流感的流行水平、趋势和规律,分析流感患者的临床特征,以及筛选流感重症患者的危险因素,提出海口地区流感的防治策略。方法:（1）收集2021年11月—2022年10月于海南医学院第一附属医院就诊的流感样症状患者的临床资料,分析不同月份、性别、年龄患者的流感病毒感染情况。（2）采用病例对照研究的方法,选取2021年11月—2022年10月因流感样症状至海南医学院第一附属医院发热门诊就诊的1500例流感病毒阳性病例作为研究对象,按1:1比例随机抽取同期发热门诊就诊的流感病毒阴性病例作为对照,分析流感病毒阳性患者的临床特征。（3）采用病例对照研究的方法,选取2021年1月—2022年10月海南医学院第一附属医院收治的63例流感重症病例（包含危重症病例）作为研究对象,按1:2比例随机抽取同期发热门诊就诊的流感轻症患者作为对照,采用二元Logistic回归筛选重症病例的危险因素。结果:（1）共收集流感样症状患者11287例,检出流感病毒阳性3608例,以甲型H3N2亚型流感病毒为主,总阳性率为31.97%;2022年5月—6月流感阳性率最高,为流感流行高峰期;男性阳性率（32.64%）略高于女性（31.21%）,差异无统计学意义（χ=2.626,P=0.105）;不同年龄段流感阳性率差异有统计学意义（χ=194.952,P=<0.01）,5～岁组阳性率最高（41.17%）,0～岁组次之（31.44%）,60～岁组最低（23.22%）。（2）流感阳性患者发热、高热、咳嗽、咳痰、鼻塞、流涕、肌肉酸痛等症状的发生比例高于流感阴性患者（P<0.05）,最高体温明显高于流感阴性患者（P<0.05）;流感阳性患者的白细胞计数、中性粒细胞计数、淋巴细胞计数、血小板计数低于流感阴性患者（P<0.05）。（3）二元Logistic回归分析显示年龄<5岁（0R=11.324,95%CI:2.367～54.179）和≥65岁（0R=9.176,95%CI:2.026～41.571）、合并基础疾病（0R=12.534,95%CI:3.236～48.546）、CRP水平（0R=1.031,95%CI:1.004～1.059）是重症流感的危险因素。结论:（1）2021—2022年度海口地区流感流行高峰在夏季,流行毒株以甲型H3N2亚型流感病毒为主,15岁以下儿童、青少年为高发人群,倡导该年龄段人群积极主动接种流感疫苗。（2）流感的主要临床表现为发热、咳嗽、咳痰、咽痛等,更容易出现高热;流感的血常规结果与其他呼吸道疾病有明显差异,可作为流感鉴别诊断的辅助手段。（3）年龄<5岁和≥65岁、合并基础疾病、CRP水平是重症流感发生的危险因素,早期识别高危人群,动态监测CRP水平,可减少流感重症病例的发生。

关键词： 希木龙念珠菌复合体   侵袭性真菌感染   基因组流行病学   系统发育   抗真菌药物敏感性   耐药机制  

摘要： 目的:了解希木龙念珠菌复合体侵袭性感染的临床流行病学特征;综合评估临床实验室对希木龙念珠菌复合体的鉴定能力;利用群体基因组学方法明确中国希木龙念珠菌复合体和国际菌株之间的系统发育关系;基于基因组学信息分析希木龙念珠菌复合体独特耐药表型形成的潜在机制。方法:本研究纳入中国医院侵袭性真菌病监测网(CHIF-NET)2009年至2017年23家监测中心收集的侵袭性感染希木龙念珠菌复合体72株。比较分析基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOFMS)对希木龙念珠菌复合体临床分离株的鉴定能力,以及VITEK2对亚希木龙念珠菌(Candida duobushaemulonii)、希木龙念珠菌创伤变种(Candida haemulonii ***)的鉴定效果,并对所有希木龙念珠菌复合体进行抗真菌药物敏感性试验。基于基因组学的方法对CHIF-NET收集的72株希木龙念珠菌复合体与国际基因组数据库中的97株国际菌株基因组数据进行系统发育分析和种群结构预测。对菌株之间的基因组差异进行两两分析,结合菌株的临床信息进行基因组流行病学分析。通过将耐药表型与基因组相关联,挖掘抗真菌药物的潜在耐药机制。结果:本研究中,希木龙念珠菌复合体主要包括4个主要的物种,其中包括58株希木龙念珠菌,11株亚希木龙念珠菌,2株希木龙念珠菌创伤变种以及1株假希木龙念珠菌。VITEK MS对亚希木龙念珠菌的正确鉴定率为100%(11/11),但是对希木龙念珠菌创伤变种无鉴定能力。VITEK2生化鉴定板卡对亚希木龙念珠菌的正确鉴定率为72.73%(8/11),对2株希木龙念珠菌创伤变种均鉴定错误(1株错误鉴定为希木龙念珠菌,另1株鉴定结果为低分辨率)。核糖体DNA转录间隔区(rDNA Internal Transcribed Spacer Region,ITS)测序能够对希木龙念珠菌创伤变种进行准确鉴定。希木龙念珠菌复合体对抗菌药物的敏感性存在差异,其中希木龙念珠菌对氟康唑和伏立康唑的非野生型比例为55.17%(32/58)和34.48%(20/58)。所有菌株对泊沙康唑、卡泊芬净和阿尼芬净的敏感性均为野生型,对伊曲康唑和米卡芬净的敏感性较高(伊曲康唑的最低抑菌浓度(Minimum Inhibitory Concentration,MIC)≤2 μg/mL,米卡芬净的MIC≤0.12 μg/mL),而对两性霉素B和5-氟胞嘧啶的耐药率分别为37.93%(22/58)和53.45%(31/58)。11株亚希木龙念珠菌对唑类和棘白菌素类药物均为野生型,72.73%(8/11)菌株对两性霉素B的MIC ≥8 μg/mL,1株菌株对5-氟胞嘧啶的MIC>64 μg/mL。2株希木龙念珠菌创伤变种中,1株菌株对氟康唑的MIC>256 μg/mL,另1株对5-氟胞嘧啶的MIC>64μg/mL,对两性霉素B的MIC都为4μg/mL。1株假希木龙念珠菌,对唑类,棘白菌素和两项霉素B的MIC都较低,而对5-氟胞嘧啶的MIC>64 μg/mL。在系统发育和种群结构预测中,中国23家医院收集的58株希木龙念珠菌的基因组与36个先前发表的国际菌株的基因组变异较小,全球分离株之间最大的成对单核苷酸多态性(SNP)仅为653,在13.31 Mb基因组中所占比例<0.005%。系统发育分析表明,希木龙念珠菌可以分为4个clade型别(clade 1-4)。Clade 1包括中国和国际菌株,而clade2-4型是近期新进化的分支,其只包含分离自中国的菌株,并显示出更高的抗真菌耐药性。在中国发现了4个区域性的流行簇(每个流行簇包括≥5个病例,且流行簇内菌株间最大的成对SNP差异<50 bp,命名为流行簇A至D),4个流行簇均属于不同的clade,且4个流行簇属于3个不同的城市。在这些潜在的暴发流行簇中,流行簇A中可能出现了城市内的传播,流行簇D则是多重耐药(氟康唑、两性霉素B和5-氟胞嘧啶)菌株的克隆传播。亚希木龙念珠菌基因组同样保守,但其变异程度大于希木龙念珠菌。11株亚希木龙念珠菌与55株国际菌株的系统发育分型表现为两个明显的分支,中国菌株在两个分支都有分布,无明显的聚集特征。希木龙念珠菌创伤变种基因组核苷酸多态性显示,中国菌株与巴西菌株的基因组两两SNP差异仅为665碱基。假希木龙念珠菌的系统发育显示,中国菌株与巴拿马和哥伦比亚的菌株位于同一分支,而委内瑞拉菌株位于另外一个分支。潜在的耐药机制方面,所有氟康唑耐药的希木龙念珠菌均存在ERG11基因的Y132F的替换。此外,56.25%(18/32)的中国耐药菌株额外存在Erg11p的V125A、F126L和/或G307A变异。对于5-氟胞嘧啶耐药的菌株存在FUR1基因的突变,cluster C的菌株都存在的FUR1基因A143T

关键词： 下呼吸道感染   细菌病原   耐药性   COVID-19疫情   儿童  

摘要： 目的:分析新型冠状病毒感染(COVID-19)疫情下住院儿童下呼吸道感染细菌病原分布及耐药性的变化,为临床合理使用抗生素和防控提供参考。方法:(1)选取2017年1月1日至2022年12月31日苏州大学附属儿童医院呼吸科因下呼吸道感染住院并完善病原学检查的儿童作为研究对象,回顾性分析6年间细菌病原分布和主要病原菌的耐药状况;(2)按照病例入院时间分为新冠疫情前组(2017年1月1日至2019年12月31日)与新冠疫情期组(2020年1月1日至2022年12月31日),比较COVID-19疫情下两组患儿细菌病原分布的差异和耐药性的变化情况。结果:第一部分 COVID-19疫情影响下儿童下呼吸道细菌感染流行病学特点1.本研究共纳入患儿10148例,其中男6101例(60.12%),女4047例(39.88%),男女比约1.5:1。年龄最小27天,年龄最大16岁8月。六年间,下呼吸道感染患儿细菌阳性检出率为27.51%(2792/10148),其中革兰氏阳性菌占比52.32%(1614/3085),革兰氏阴性菌占比47.68%(1471/3085)。前五位常见细菌依次为肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae,SP)、流感嗜血杆菌(Haemophilus influenzae,HI)、卡他莫拉菌(Moraxella catarrhalis,MC)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,SA)、大肠埃希菌(Escherichia coli,***),阳性检出率分别为 12.16%、7.39%、5.44%、3.66%、0.33%。两种或者两种以上细菌混合感染检出率为2.81%(285/10148),前三位依次是:SP合并HI、SP合并MC、HI合并MC,阳性检出率分别为34.04%、25.96%、8.77%。2.男童细菌阳性检出率(28.63%)高于女童(25.82%),差异有统计学意义(P<0.05)。男女童均以SP阳性检出率最高,分别为12.29%、11.96%。男童SA、***阳性检出率(4.33%、0.43%)均高于女童(2.64%、0.17%),差异均有统计学意义(P<0.05)。3～5岁龄组细菌阳性检出率(34.83%)最高,余依次为6～12月龄组(30.38%)、1～3 岁龄组(28.27%)、≤6月龄组(27.76%)、>5 岁龄组(14.39%),差异有统计学意义(P<0.05)。SP、HI、MC在3～5岁龄组阳性检出率均最高,分别为19.53%、9.24%、7.73%;SA、***、肺炎克雷伯菌(Klebsiella Pneumoniae,KPN)在≤6月龄组阳性检出率均最高,分别为8.71%、0.75%、0.78%,差异均有统计学意义(P<0.05)。3.春、夏、秋、冬季细菌阳性检出率依次为33.14%、24.41%、27.30%、26.35%,以春季最高、夏季最低,差异有统计学意义(P<0.05)。四季中SP阳性检出率均较高,分别为12.75%、10.76%、13.29%、11.71%。SP在秋季阳性检出率(13.29%)最高,HI在春季阳性检出率(13.38%)最高,MC在秋季阳性检出率(7.00%)最高,铜绿假单胞菌(Pseudomonas aemginosa,PA)在夏季阳性检出率(0.42%)最高,差异均有统计学意义(P<0.05)。4.2017年至2022年各年度细菌阳性检出率分别为30.21%(494/1635)、29.26%(524/1791)、26.75%(497/1858)、29.61%(392/1324)、26.31%(498/1893)、23.50%(387/1647),2017年度最高,2022年度最低,差异有统计学意义(P<0.001)。SP在2017年度阳性检出率(15.84%)最高,HI、产气肠杆菌(Enterobacter aerogenes,EAE)、副流感嗜血杆菌(Haemonphilus parainfluenzae,PHI)在2018年度阳性检出率(10.44%、0.34%、0.22%)最高,MC、SA 在 2020 年度阳性检出率(8.76%、5.51%)最高,差异均有统计学意义(P<0.05)。5.入院前病程在≤1周、～2周、～1月、～3月、>3月组细菌阳性检出率分别为26.46%、28.05%、31.08%、32.13%、22.88%,～3月组最高,>3月组最低,差异有统计学意义(P<0.05)。各组中均以SP阳性检出率为最高,分别为10.99%、13.91%、14.37%、15.86%、8.47%。SP、MC阳性检出率(15.86%、6.83%)在～3月组最高,HI阳性检出率(9.39%)在～1月组最高,差

关键词： classⅠ类新城疫病毒   分子特征   遗传变异   抗原性   热稳定性  

摘要： 新城疫(Newcastle disease,ND)是由新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)引起的一种急性、高度接触性禽类传染病。NDV属于副黏病毒科、正禽腮腺炎病毒属成员,只有一个血清型,可分为classⅠ和classⅡ两大类,分别包含1个和20个基因型。近年来研究发现classⅠ类NDV普遍存在于我国活禽市场中,该类病毒的持续存在和传播导致其存在遗传变异的风险。本研究对2020022年期间分离自我国15个省(自治区)活禽市场中的110株NDV进行了鉴定,其中classⅠ类107株,classⅠI类基因II型NDV 3株。发现classⅠ类NDV普遍分布于我国不同地区的活禽市场,主要分离自鸡(61.68%)和鸭(25.23%)。对107株classⅠ类NDV的F和HN基因进行序列测定和遗传演化分析,显示107株classⅠ类NDV与2009年以来中国流行的classⅠ类NDV分离株形成了一个独特的遗传分支,即基因1.1.2亚型,不同于其他国家和地区的分离株。在基因1.1.2亚型毒株的F基因中存在3个潜在的起始密码子(ATG),分别对应于基因组4523525、4544546和4556558位,本研究中的107株病毒F基因在上述3个位置为ATG各有100株(93.46%)、103株(96.26%)和107株(100%)。表明classⅠ类NDV不同毒株F基因可能存在不同长度的编码区(CDS)。氨基酸序列分析发现,这些classⅠ类NDV的F蛋白存在多种形式的裂解位点,其中106株(99.07%)具有经典弱毒株裂解位点的特征,1株NDV(0.93%)F蛋白裂解位点中123位氨基酸突变为赖氨酸(K),出现多个碱性氨基酸。另外,classⅠ类NDV F蛋白的信号肽、融合肽、N-连接的糖基化位点、中和表位以及七肽重复区等不同区域中存在许多氨基酸替换。已知的classⅠ类NDV的HN基因CDS长度大部分为1851 nt,编码含616个氨基酸的蛋白。本研究中首次发现了HN基因CDS长度为1728 nt(1株)的毒株。分离得到的107株classⅠ类NDV HN蛋白中潜在的N-连接糖基化位点、七肽重复区域和中和表位中存在大量氨基酸的替换。为进一步分析classⅠ类NDV的基因组分子特征,对4株classⅠ类NDV(FJ120/17、GX1132/18、SH101/18株和XZ267/19)进行了全基因组序列测定。与classⅠ类NDV代表株FJ28/17进行对比分析,结果显示这5株classⅠ类NDV全基因组序列同源性在97.09.1%之间,各结构蛋白基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别在96.2%9.7%和94.5%00%之间;与classⅡ类的La Sota和V4株相比,全基因组核苷酸序列同源性在72.12.9%之间,各结构蛋白基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为71.5%9.5%和72.7%4%。其中HN基因核苷酸和氨基酸序列同源性最低,其变异程度高于F基因。进一步制备了上述5株classⅠ类NDV分离株的单因子血清,通过交叉HI试验测定classⅠ类NDV分离株之间以及与classⅡ类弱毒株La Sota和V4之间的抗原性差异。试验结果显示,大部分classⅠ类NDV分离株之间抗原性无差异,但SH101/18与同基因型classⅠ类毒株之间抗原性差异显著。ClassⅠ与classⅡ类NDV之间抗原性存在显著差异。另外,随机挑选了11株classⅠ类NDV分离株测定其耐热性,结果显示classⅠ类NDV HN蛋白普遍具有耐热性,但不同毒株HN蛋白的耐热程度有所差异。为进一步确证HN蛋白是影响耐热性的主要因素,以不耐热株La Sota为骨架,将其F和HN基因替换为classⅠ类NDV FJ120/17毒株的F和HN基因,拯救获得了重组病毒La Sota-FJ120FHN,与本团队之前构建的重组病毒La Sota-FJ28F和La Sota-FJ28FHN一同测定耐热性。结果显示La Sota与La Sota-FJ28F毒株HN蛋白无耐热性,而FJ28/17、FJ120/17、La Sota-FJ28FHN和La Sota-FJ120FHN毒株HN蛋白在56℃加热60 min后仍有血凝活性,表明HN蛋白对classⅠ类NDV的耐热性起关键作用。本研究提供了我国classⅠ类NDV的生态学分布、遗传多样性、进化趋势以及病毒生物学特性等方面的数据,对了解该病毒的流行特点、遗传演化规律及疾病的防控具有指导意义。

关键词： 合胞病毒   基因分型   流行病学   全基因组  

摘要： 目的对2021年银川市流感患者6种常见呼吸道病毒进行监测,以掌握全市呼吸道病毒病原谱的基本结构和流行特征,为呼吸道病毒的有效预防和防控工作提供基础性资料与理论性依据。并对人呼吸道合胞病毒开展分子特征学研究,利用系统进化分析、同源性研究和氨基酸遗传变异研究来揭示银川地区合胞病毒的遗传特征和分布特点,丰富我国呼吸道合胞病毒的基因信息库。方法1.根据流感样病例的纳入排除标准,收集银川市2021年两家流感监测哨点医院（银川市第一人民医院、自治区人民医院西夏医院）的呼吸道感染患者标本（发病3天内的流感样病例）,采用实时荧光定量PCR反应对RAd V、HRSV、HMPV、HRV、PIVⅠ、PIVⅢ这六种常见呼吸道病毒进行检测。结合病例信息,利用SPSS26.0软件对相关指标进行统计学分析。2.对HRSV阳性标本的G蛋白基因序列进行扩增并测序,使用MEGA7.0比对序列、构建系统发育进化树及计算遗传距离,用DNAStar中Meg Align分析序列同源性和氨基酸变异位点。并对符合二代测序标准的HRSVA去基因组序列进行分析。结果1.呼吸道病毒监测情况1.1呼吸道病毒检出情况1100例流感样病例,呼吸道病毒总阳性率为22.55%,HRV最为常见,阳性率为7.64%,其次为HRSV,HMPV,PIVⅠ,RAd V,PIVⅢ,阳性率分别为4.64%,3.91%,2.91%,1.27%,0.91%。1.2病原谱及混合感染情况HRV是呼吸道病毒的主要病原体,占检出呼吸道病毒的33.87%,其次为HRSV,HMPV,PIVⅠ,RAd V,混合感染,PIVⅢ,分别占20.56%,17.34%,12.90%,5.65%,5.65%,4.03%。1100例流感样病例中,共检出14例混合感染,均为两种病毒混合感染,共有8种混合感染类型,其中RAd V和HRSV的混合感染例数最多,共有4例。1.3时间分布不同季节的呼吸道病毒总阳性率进行比较,差异具有统计学意义（χ=14.313,P<0.05）。不同季节HRSV、HMPV、PIVⅠ、RAd V的阳性率比较,差异均有统计学意义,不同季节的PIVⅢ的阳性率比较,差异无统计学意义。1.4人群分布不同性别的呼吸道病毒感染总阳性率比较,差异无统计学意义（χ=0.073,P>0.05）。各年龄组间的病毒总阳性率比较,差异有统计学意义（χ=150.370,P<0.001）,其中2～年龄组呼吸道病毒阳性率最高,为42.92%。***流行病学分析2.1 HRSV分型将58例HRSV阳性标本进行分型,HRSVA亚型阳性率为56.90%,HRSVB亚型阳性率为43.10%。对HRSV不同基因亚型进行特征分析,不同基因型的性别、年龄段分组、季节分布均无统计学意义。2.2 HRSVG蛋白基因分析20株HRSVA亚型均与ON1型代表株在同一分支上,为ON1型。10株HRSVB亚型均与BA9型代表株在同一分支上,为BA9型。20条HRSVA亚型均在H258Q和H266L发生突变,共有17个位点发生突变。10条HRSVB亚型均在K218T、L223P、S247P、T270I、I281T、H287Y、T290I发生突变,共有19个位点发生突变。2.3 HRSVA全基因组分析在G蛋白基因序列、全基因组序列的系统发育树上均发现,9株均与ON1型聚集在同一分支,为HRSVA-ON1型。结论***是银川市呼吸道病毒的主要病原体,其次为HRSV。混合感染均为2种病毒混合感染,共有8种混合类型,其中以RAd V和HRSV混合感染为主。呼吸道病毒有季节性流行特点,冬春季节发病风险较大。银川市冬春季应重点预防HRSV、HMPV感染,春夏季应重点预防RAd V感染,春秋季应重点预防HRV感染,夏秋季重点预防PIVⅠ感染。5岁以下婴幼儿群体的呼吸道病毒感染需要重点防控。2.银川市HRSV不同基因亚型的性别、年龄段分组、季节分布均无统计学意义。2021年银川市HRSV是A、B亚型共流行的情况以及G蛋白基因HVR2区出现多个氨基酸位点变异。

关键词： 沙门菌   环境污水   血清型   全基因组测序   耐药   分子流行病学  

摘要： 目的描述2022年2月-2023年1月广州市环境污水中沙门菌的分布情况及其动态变化特征,进而推测广州市人群中沙门菌感染的流行情况。建立基因分型数据库,为以后的暴发溯源以及疾病的早期预警提供理论数据。此外,了解沙门菌耐药性的现状和危害,揭示沙门菌的耐药机制,为临床上治疗沙门菌感染以及沙门菌感染的防控策略提供理论参考。方法2022年2月1日至2023年1月31日在广州市越秀区、海珠区、白云区、番禺区、南沙区、花都区、增城区这七个区进行定时定点采样,对分离出的沙门菌菌株开展血清学鉴定、耐药表型、耐药基因、分子分型、系统发育进化关系分析等研究内容。1.采用玻片凝集法对分离菌株进行血清学鉴定。2.采用微量肉汤稀释法检测分离菌株对17种抗生素的最小抑菌浓度,分析菌株的耐药表型及耐药谱。3.采用PFGE技术对分离菌株进行分子分型和同源性分析,分析菌株的遗传特征。4.利用全基因组测序技术结合生物信息学手段进行耐药基因的检测。并使用多位点序列分型(MLST)及全基因组单核苷酸多态性(wg SNP)两种方法对菌群结构以及菌株间的系统发育进化关系进行分析。结果1.污水中沙门氏菌检出情况显示,共收集的660份污水中,有156份污水检测出沙门菌,共分离出246株沙门菌菌株,沙门菌检出率为23.64%。3月总检出率最高,为36.36%,其次是7月份和9月份,均为32.73%,8、10月份的检出率均为29.09%。各个季节检出率差异有统计学意义,春秋季检出率最高。不同场所沙门菌的检出率不同,餐饮店和污水处理厂的污水检出率最高,分别为35.71%和33.97%,其次是市场和医院,分别为22.62%和21.43%。不同区属沙门菌的检出率不同,白云区和南沙区的污水检出率最高,分别为37.50%和33.33%,其次是番禺区和花都区,分别为23.81%和23.33%。3.血清学鉴定结果显示,共鉴定出I型(肠道沙门菌肠道亚种)沙门菌202株,II型(肠道沙门菌萨拉姆亚种)沙门菌27株,IV型(肠道沙门菌浩敦亚种)1株,同时有16株沙门菌未鉴定出血清型。优势血清型为S.1,4,[5],12:i:-,占比为25.65%。其次是罗森和德尔卑,占比分别为8.70%和4.78%;检测出了很多罕见的沙门菌血清型,比如阿贡纳、布达佩斯、维尔肖等,占比均不足1%。***研究显示,沙门菌菌株表现出遗传多态性,呈高度散发的流行特征。PFGE指纹图谱没有明显的地区或时间特异性,但相同血清型的相似度一般比较高,同时,人源沙门菌与污水中的沙门菌指纹图谱相似度在50%-100%之间。5.药敏试验结果显示,分离株对氨苄西林、四环素、链霉素、氯霉素、复方新诺明的耐药率最高,耐药率均达到80%以上。多粘菌素E、环丙沙星的中介率较高。替加环素的的敏感率达到100%,另外美罗培南、厄他培南、头孢他啶/阿维巴坦以及阿米卡星的敏感率都高达90%以上。多重耐药情况严重,多重耐药谱呈多样性。6.耐药基因携带率高且种类多样,主要为氨基糖苷类、β内酰胺类、四环素类、磺胺类等13类耐药基因,耐药表型与耐药基因型整体符合率较好。检测到多种与多重耐药相关的外输泵蛋白基因。***分型及全基因组单核苷酸多态性分析发现,以ST34为优势克隆流行,ST分型与血清型相关。本地沙门菌菌株具有相对明确的系统发育分支,共有11个分支,不同ST型克隆株一般分属不同分支。一些分离菌菌株与广州市人源沙门菌和国外的菌株具有密切的亲缘关系。结论1.污水中沙门菌总体检出率高,以春秋季多发,其中,污水处理厂和餐饮店、白云区和南沙区的沙门菌检出率最高,提示这些月份、场所和区域有较大的食物安全隐患,应加大监督和宣传教育力度,防止沙门菌引起食源性疾病的暴发。2.污水中沙门菌的血清型众多,优势血清型为S.1,4,[5],12:i:-,能检测到除报告病例和家禽以外的罕见血清型,对传染病防控具有重要意义。因此,应该把环境污水监测作为常规监测方法。3.污水中沙门菌具有遗传多态性,呈高度散发流行特征,未形成局部暴发流行。污水中沙门菌与人群中沙门菌的PFGE指纹图谱比较相似,提示沙门菌在人群和污水中的水平传播。4.污水中沙门菌的耐药以及多重耐药情况严重,耐药谱具有多样性。耐药基因等可移动遗传元件介导的耐药机制为耐药和多重耐药产生的主要原因。5.污水中沙门菌以ST34为优势流行克隆,该ST型在广州市污水中具有流行趋势,且不容易发生变异。ST分型与血清型存在相关性。具有相对明确的系统发育分支,ST34群S.1,4,[5],12:i:-很可能由鼠伤寒沙门菌的ST34克隆进化而来,并且之前在人群中流行的克隆谱系至今还在广州市流行。

关键词： 犬   胰腺炎   流行病学调查   诊断   防治  

摘要： 随着人们生活质量的提高,以及丰富多彩的物质文化生活的普及,身边越来越多的朋友,家人等喜欢饲养宠物犬及工作犬。近年来,主人在犬只患病时就诊意识不断提高,因此去宠物医院看病的犬只数量在逐步增加,同时医疗水平亦要有所提升,为宠物健康保驾护航。首先排除危害较严重的犬类传染病,犬胰腺炎(pancreatitis)发病率逐渐上升,且多呈急性表现,病死率高。部分病例症状较为典型,可以视为一种消化系统类常见病。犬胰腺炎可分为急性胰腺炎和慢性胰腺炎两种类型,急性胰腺炎较慢性胰腺炎多见。为了犬胰腺炎得到更好的预防和治疗,降低发病率和病死率,在生活和临床诊疗中应提高对该病的重视。为掌握吉林市区犬胰腺炎的发病情况,有必要在该区域开展犬胰腺炎流行情况的调查。采用整理就诊病例基本信息及问卷调查的方法,并跟诊病例,总结分析疾病的流行特点。本文选取2021.05至2022.05吉林市区三家宠物医院收治的651例患消化系统疾病的犬作为研究对象,其中58只患有胰腺炎,犬胰腺炎的发病率为9%(58/651)。记录宠物犬性别,年龄,品种,体重,发病时间,绝育状态等基本信息,并跟进患病情况。通过观察对比临床症状,归纳发病经过,分析实验室检查结果,结合影像学诊断,筛查并确诊病犬患有胰腺炎。其中有55例经过补液对症治疗,患犬得到康复,有3例病犬死亡,治愈率为94%(55/58)。从发病原因、不同季节、不同年龄,不同品种,不同性别因素角度分析对疾病的影响,并进行统计分析。得到以下结果:发病原因主要与饮食因素相关,比例为45%(26/58),与胰腺炎病史有关比例为14%(8/58),与胆囊疾病继发有关比例为4%(2/58)。犬胰腺炎会发生在任何季节,每个月胰腺炎患犬数量约在5例左右,不同季节的温度差异与犬胰腺炎的发生关联不大。犬胰腺炎发生也可在任何年龄阶段,成年犬胰腺炎发病数量最多,比例为98%(57/58),1-7岁犬中,4岁及以下比例为67%(20/30),发病年龄逐渐有年轻化趋势,7岁以上患犬比例为46%(27/58)。不同品种中以泰迪犬发病数量最多,比例为33%(19/58),其次雪纳瑞发病数量比例为12%(7/58),比熊发病数量比例为10%(6/58)。斗牛和中华田园犬也有发病,比例均为7%(4/58)。雌性犬和雄性犬均有发病,比例分别为为52%(30/58)和48%(28/58),比例数量相当。将得到的基础数据,制成图表,初步揭示吉林市区犬胰腺炎发病情况。综上可得犬胰腺炎的发生与品种、饮食因素相关,与发病季节、性别、年龄因素无关。该结果为临床防治提供数据支持。提高饲养者合理健康的饲养意识,可以加强犬的生活质量。对犬胰腺炎做好预防,发病时做出的快速诊断及治疗,对本病的防治有重要意义。出于对犬胰腺炎的关注,了解疾病的发生与发展。本文详细记录了14例典型就诊病例,通过主诉和观察胰腺炎患犬的临诊症状,分析胰腺炎的发病原因,概括犬胰腺炎诊断方法,判断预后过程,总结治疗措施。以更好地了解犬胰腺炎。就其中2例急性胰腺炎患犬发病和治疗情况具体展开分析,患犬经积极治疗,恢复良好。为犬胰腺炎的诊断和治疗提供参考。

关键词： 新疆和田   立克次体   蜱种分布   系统发育分析  

摘要： 新疆和田地区南枕昆仑山,北入塔克拉玛干沙漠腹地,沙漠戈壁的覆盖面积占全区总面积中的63%,境内的和田河是塔里木河的源流之一。和田地区面积广,地理环境复杂。蜱是一种全球广泛分布的吸血节肢动物,以人类和动物的体表为寄生场所。立克次体是主要由蜱传播的重要病原体,对公共卫生和人畜安全有着潜在威胁。为了解和田地区绵羊寄生蜱种分布及立克次体携带情况,本研究于2022年对新疆和田地区八个县市的绵羊进行了蜱虫的采集,在新疆和田地区和田市、和田县、墨玉县、皮山县、洛浦县、策勒县、于田县、民丰县八个县市共采集寄生蜱2389只。对采集的蜱虫样本进行形态学初步鉴定,并利用PCR技术扩增16S rDNA基因片段,琼脂糖凝胶电泳后将扩增所得的PCR产物送至苏州金唯智公司测序,经BLAST比对和物种发育进化树分析后确认所得蜱种为图兰扇头蜱、亚洲璃眼蜱、边缘革蜱、拉合尔钝缘蜱和银盾革蜱5种。将提取出的蜱虫核酸基于sca1,geneD,ompB基因进行PCR扩增并测序,测序结果采用MEGA7.0软件构建系统发育进化树。其结果显示存在立克次体携带情况,总携带率约为57.81%,其中墨玉县采样点携带率最高,为73.08%;洛浦县采样点携带率最低,为41.03%。比对分析后发现该地区蜱中存在暂定巴布瑞立克次体,马赛立克次体和饶氏立克次体,三种立克次体均有同源的已知立克次体。综上所述本研究中采集了新疆和田地区共2389只蜱虫样本,经鉴定总共为五种蜱种:图兰扇头蜱、亚洲璃眼蜱、边缘革蜱、拉合尔钝缘蜱和银盾革蜱。PCR检测证实新疆和田地区绵羊寄生蜱种有携带暂定巴布瑞立克次体、马赛立克次体、饶氏立克次体的情况,阳性率为57.81%。本研究表明和田地区的优势蜱种为图兰扇头蜱,该地区的立克次体携带率近年来呈上升态势。该研究为了解和田地区蜱种分布及蜱传立克次体携带情况,提供了有效的数据支持,为今后立克次体的预防和治疗提供了合理参考。