关键词:
β-环糊精包合
粗粒化模拟
分子动力学模拟
经皮促透
力场开发
中药制剂
摘要:
分子动力学模拟是一种基于牛顿力学原理的计算方法,可模拟分子的运动轨迹、能量变化、结构演化等,是研究分子或分子体系结构与性质的重要研究方法,已成为生物、化学、药物制剂等领域中的新型研究手段。其中粗粒化分子动力学模拟因简化了分子结构而极大提高了运算效率,能够研究更大尺度的生物分子过程。在中药制剂研究中涉及大量药物与药物、药物与辅料乃至与生物机体之间的相互作用,如药物的包载与释放、药物的经膜渗透等,受经典实验限制,难以在分子尺度深入阐释其内在机制,粗粒化分子动力学模拟为上述研究提供了有力的研究工具。在粗粒化分子动力学模拟中,力场用于描述分子间的相互作用和能量变化,决定了分子的动力学行为。因此,合理可靠的粗粒化力场是确保模拟结果准确性的前提。由于目前粗粒化模拟多用于蛋白质、高聚物等大分子的模拟研究,缺乏小分子粗粒化力场的构建方法,加之中药小分子结构复杂多样,多含环状甚至并环状,导致中药小分子粗粒化力场的缺乏,极大限制了粗粒化分子动力学模拟方法在中药研究领域的应用。因此,为完善中药化学成分粗粒化力场构建方法,推动粗粒化分子动力学模拟在中药研究中的应用,本文主要开展了以下三个方面的工作:(一)中药小分子粗粒化力场的构建及验证本部分基于苯丙素类、醌类、黄酮类、萜类四类典型中药母核结构,筛选出24种中药小分子构建粗粒化结构,根据全原子模拟结果,结合相关动力学模拟计算软件获取粗粒化力场参数,构建粗粒化力场。以键长、键角、二面角、溶剂可及表面积和回旋半径作为评价参数,评价粗粒化力场结构的合理性;以溶剂化自由能为评价参数,评价粗粒化力场热力学性质的合理性。结果表明,所构建的中药小分子粗粒化力场的结构和热力学性质验证结果良好,可直接为粗粒化分子动力学模拟研究提供相关中药小分子的力场参数,并为后续中药小分子粗粒化力场数据库的开发奠定基础;此外,基于力场开发过程提出适用于中药小分子的粗粒化力场构建原则,为其他中药小分子粗粒化力场的开发提供参考。(二)β-环糊精包合中药小分子的模拟研究本部分以增溶这一中药制剂中的重要环节作为应用场景,验证所建的中药小分子粗粒化力场在实际应用中的合理性。选择常用于β-环糊精包合以提高溶解度的单环苯丙素类药物阿魏酸和双环苯丙素类药物蛇床子素,使用粗粒化模拟方法模拟β-环糊精对药物的包合过程,同时采用宏观实验中最常用的饱和水溶液法制备β-环糊精包合物,分别计算模拟和实验所得β-环糊精的包合率,比较模拟层面和宏观实验层面β-环糊精对两种药物的包合效果,并借助粗粒化模拟方法在分子尺度研究β-环糊精对不同药物包合存在差异的机制。结果发现,两种药物在模拟和经典实验中包合效果的趋势保持一致;当药物体积较小、形态近似棒状且与β-环糊精具有较强相互作用时,更易与β-环糊精形成包合物。上述结果表明,所构建的粗粒化力场能够重现实验的结果,从而在实际应用场景中验证了所建力场的合理性与准确性;同时,探究了 β-环糊精包合药物的作用机制,为β-环糊精在制剂开发中的应用提供理论指导。在此基础上,结合经典实验引入包合率作为模拟评价参数,进一步完善了粗粒化模拟在β-环糊精包合研究中的评价参数体系,加强了模拟和宏观结果间的关联性,为相关应用提供方法指导。(三)中药小分子经皮促透模拟研究本部分以药物经皮促透作为应用场景,验证所建的中药小分子粗粒化力场在实际应用中的合理性。选择三种促透剂(柠檬烯、桉叶油醇、萜品醇)对亲脂性药物蛇床子素的经皮促透体系,通过考察不同促透剂加入前后药物在脂质膜中的分布情况,比较不同促透剂的促透能力和效果。结果表明,三种促透剂均可增加蛇床子素在脂质膜中的分布,且柠檬烯表现出了最好的促透效果。同时,在分子尺度研究三种促透剂对脂质膜和蛇床子素的影响,进一步挖掘促透剂的促透机制。结果发现,促透剂可通过降低脂质排列有序程度、提高脂质流动性、加剧药物扩散、增强OST与脂质膜之间的相互作用等发挥促透作用。上述结果表明,模拟结果能够重现经典实验的结果,表明所建力场合理可靠。同时,对三种促透剂促透机制的探讨,为中药化学成分经皮渗透的相关研究提供了数据支撑。在此基础上,结合经典实验引入渗透率作为模拟评价参数,进一步完善了粗粒化模拟在药物经膜促透研究中的评价参数体系,为相关应用提供了方法指导。综上所述,本文构建了一系列中药小分子的粗粒化力场,开发了一套适用于中药小分子的粗粒化力场参数化方法。在此基础上,选取部分中药小分子粗粒化力场,以实际中药药剂学应用场景为背景,开展效果及机制研究,进一步验证了本文所建粗粒化力场的合理性;同时,完善了模拟方法评价体系,为粗粒化模拟在中药研究中的应用提供方法参考。