关键词:
第三代测序技术
地中海贫血
罕见变异
基因检测
产前诊断
摘要:
目的:通过对比第三代测序技术与常规技术和高通量测序技术的地中海贫血基因检测结果,评估第三代测序技术在地中海贫血基因检测与产前诊断中的临床应用价值和可行性;对研究过程中检出的罕见变异进行血液学表型分析,为临床遗传咨询提供参考依据;总结江西地区基于第三代测序技术检出的地中海贫血变异类型,丰富本地区地中海贫血基因突变谱。方法:1、选取2019年10月至2022年10月于江西省妇幼保健院就诊的地中海贫血筛查阳性的402例受检者,采用第三代测序技术进行地中海贫血基因检测,其中319例同步选用常规技术(Gap-PCR、PCR-RDB)、余下83例同步选用高通量测序技术进行地中海贫血基因检测,对比第三代测序技术与这两种技术的基因检测结果与阳性检出率,并对研究过程中检出的罕见变异进行血液学表型分析,统计分析第三代测序技术检出的本地区地中海贫血变异类型。2、连续纳入2020年1月至2020年12月期间因夫妻双方携带同型地中海贫血基因于江西省妇幼保健院采用常规技术(Gap-PCR、PCR-RDB)进行地中海贫血产前诊断的40例高风险家庭,采用第三代测序技术回顾性分析孕妇羊水基因型,与常规技术基因检测结果进行对比。结果:1、402例地中海贫血筛查阳性的受检者中,第三代测序技术分别较常规技术(319例)/高通量测序技术(83例)多检出4.08%/2.41%的受检者携带地中海贫血基因,并多检出18种/4种基因变异类型。此外,对两种技术之间基因检测结果不一致的18例/4例样本采用Gap-PCR、Sanger测序进行验证,验证结果均与第三代测序技术检测结果相符,并对第三代测序技术额外检出的罕见变异携带者的血液学表型进行了分析。此外,第三代测序技术在402例受检者中,共检出47种变异类型,包括31种地贫变异类型。在检出的地中海贫血变异类型中,除临床常见的23种α-、β-地中海贫血变异外,第三代测序技术还额外检出5种致病性明确的α-、β-地中海贫血罕见变异、3种中性多态性位点以及5种未知致病性的变异。2、40例进行地中海贫血产前诊断的高风险家庭中,第三代测序技术与常规技术均准确检出30例胎儿携带地中海贫血基因,两种技术的阳性检出率及基因检测结果均完全一致。结论:1、在地中海贫血基因检测中,第三代测序技术较常规技术和高通量测序技术有更高的阳性检出率,可额外检出表型多样的罕见变异、复杂结构变异,准确区分HBA1/2高度同源基因,对临床地中海贫血基因检测具有重要价值。但检出的许多罕见变异的致病性尚不明确,须待进一步家系分析,给临床遗传咨询带来了巨大的挑战。2、在地中海贫血产前诊断中,第三代测序技术的检测准确性为100%,其可同时检测α、β珠蛋白基因全长,检测范围较常规技术更加广泛、全面,且无须提取羊水DNA和进行PCR扩增,减少了操作可能带来的污染,简化了流程,有望应用于地中海贫血产前诊断。